PlantPromoterDB promoter information of AT2G44370.1

Summary of Gene (AT2G44370.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G44370 TAIR NCBI
Gene model	AT2G44370.1
Description	DC1 domain-containing protein; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DC1 (InterPro:IPR004146), C1-like (InterPro:IPR011424); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DC1 domain-containing protein (TAIR:AT2G17740.1); Has 1603 Blast hits to 573 proteins in 27 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 11; Fungi - 5; Plants - 1571; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18322704-18321505)

`Genome position from initiation codon` `AT2G44360.1 TSS from cDNA TSS information AT2G44370.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G44370.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 18322920 -66

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	18322920	-66

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TACTATAAATATATAC - 18322942 18322957 -88 -103

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TACTATAAATATATAC`	-	18322942	18322957	-88	-103
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATAT - 18323060 18323067 -206 -213

AtREG509 CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AAGCGCGT - 18323082 18323089 -228 -235

AtREG492 AAGCGCGT PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG TTGACTTT - 18323135 18323142 -281 -288

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATAT`		-	18323060	18323067	-206	-213
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAGCGCGT`		-	18323082	18323089	-228	-235
	AtREG492	`AAGCGCGT`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif
REG	`TTGACTTT`		-	18323135	18323142	-281	-288
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 18321683 AT2G44360.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	18321683	AT2G44360.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone - 18321693 AT2G44360.1

TSS clone A clone - 18321625 AT2G44360.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	-	18321693	AT2G44360.1
TSS clone	`A`	clone	-	18321625	AT2G44360.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACACGCGCCG - 18321749 18321758 AT2G44360.1

AtREG385 ACACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

AtREG486 CACGCGCC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

AtREG538 ACGCGCCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG CCACGTCAG - 18321803 18321811 AT2G44360.1

AtREG419 CCACGTCA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA

AtREG440 CACGTCAG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG AAAGTCAA - 18321815 18321822 AT2G44360.1

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG TTGACTTT - 18321952 18321959 AT2G44360.1

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG AAAAAGCC - 18321962 18321969 AT2G44360.1

AtREG589 AAAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif