PlantPromoterDB promoter information of AT2G45510

Summary of Gene (AT2G45510)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G45510 TAIR NCBI
Gene model	AT2G45510
Description	member of CYP704A

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 18752085-18753284)

`Genome position from initiation codon` `AT2G45510.1 TSS from cDNA TSS information AT2G45510 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G45500.1 AT2G45500.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G45510

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 18753042 -43

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	18753042	-43

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 18753043 -42

TSS clone T clone + 18753061 -24

TSS clone A clone + 18753074 -11

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	18753043	-42
TSS clone	`T`	clone	+	18753061	-24
TSS clone	`A`	clone	+	18753074	-11

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTAATGGGCTTTA + 18752905 18752917 -180 -168

AtREG558 CTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376     TGGGCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365      GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AGGCCTATA + 18752920 18752928 -165 -157

AtREG649 AGGCCTAT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG487 GGCCTATA PPDB Motif PLACE Motif

REG CTTAGGCCCAATG + 18752939 18752951 -146 -134

AtREG563 CTTAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG360 TTAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352     GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG461      GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTGGCCCAGT + 18752963 18752972 -122 -113

AtREG445 GTGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG458 TGGCCCAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG384   GGCCCAGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTAATGGGCTTTA`		+	18752905	18752917	-180	-168
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AGGCCTATA`		+	18752920	18752928	-165	-157
	AtREG649	`AGGCCTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG487	`GGCCTATA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CTTAGGCCCAATG`		+	18752939	18752951	-146	-134
	AtREG563	`CTTAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG360	`TTAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GTGGCCCAGT`		+	18752963	18752972	-122	-113
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG458	`TGGCCCAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG384	`GGCCCAGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 2 - 18752852 AT2G45500.1, AT2G45500.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	2	-	18752852	AT2G45500.1, AT2G45500.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 18752851 AT2G45500.1, AT2G45500.2

TSS clone T clone - 18752844 AT2G45500.1, AT2G45500.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	18752851	AT2G45500.1, AT2G45500.2
TSS clone	`T`	clone	-	18752844	AT2G45500.1, AT2G45500.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAGCCCATTAG - 18752905 18752917 AT2G45500.1, AT2G45500.2

AtREG365 TAAAGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376 AAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG558      CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATAGGCCT - 18752920 18752928 AT2G45500.1, AT2G45500.2

AtREG487 TATAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

AtREG649 ATAGGCCT PPDB Motif PLACE Motif

REG CATTGGGCCTAAG - 18752939 18752951 AT2G45500.1, AT2G45500.2

AtREG461 CATTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352 ATTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360     GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563      GGCCTAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG ACTGGGCCAC - 18752963 18752972 AT2G45500.1, AT2G45500.2

AtREG384 ACTGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG458 CTGGGCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG445   TGGGCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

REG TTTAACGG - 18753001 18753008 AT2G45500.1, AT2G45500.2

AtREG610 TTTAACGG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR