PlantPromoterDB promoter information of AT2G47340

Summary of Gene (AT2G47340)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G47340 TAIR NCBI
Gene model	AT2G47340
Description	invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte, sepal, flower, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein (TAIR:AT1G02550.1); Has 88 Blast hits to 86 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 1; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 80; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19432918-19434117)

`Genome position from initiation codon` `AT2G47340.1 AT2G47350.1 AT2G47350.2 TSS from cDNA TSS information AT2G47340 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47340

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 19432162 -6

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	19432162	-6

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTA + 19431867 19431874 -301 -294

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTA`		+	19431867	19431874	-301	-294
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 19433983 AT2G47350.1, AT2G47350.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	19433983	AT2G47350.1, AT2G47350.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 19433791 AT2G47350.1, AT2G47350.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19433791	AT2G47350.1, AT2G47350.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CACACGTGTCT + 19433685 19433695 AT2G47350.1, AT2G47350.2

AtREG460 CACACGTG    ABA, DREB1Aox PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG

AtREG366   CACGTGTC ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC

AtREG470    ACGTGTCT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC

REG ATGGGCTAA + 19433720 19433728 AT2G47350.1, AT2G47350.2

AtREG581 ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571 TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY