PlantPromoterDB promoter information of AT2G47540.1

Summary of Gene (AT2G47540.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G47540 TAIR NCBI
Gene model	AT2G47540.1
Description	pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen Ole e 1 allergen and extensin (InterPro:IPR006041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein (TAIR:AT4G02270.1); Has 87 Blast hits to 87 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 87; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19516101-19517300)

`Genome position from initiation codon` `AT2G47580.1 TSS from cDNA TSS information AT2G47540.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G47570.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47540.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATTG + 19505219 19505226 -682 -675

AtREG647 CCCAATTG PPDB Motif PLACE Motif

REG CCCATTAG + 19505302 19505309 -599 -592

AtREG558 CCCATTAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATTG`		+	19505219	19505226	-682	-675
	AtREG647	`CCCAATTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`CCCATTAG`		+	19505302	19505309	-599	-592
	AtREG558	`CCCATTAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 19517173 AT2G47580.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	19517173	AT2G47580.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 19517187 AT2G47580.1

TSS clone A clone + 19517191 AT2G47580.1

TSS clone T clone + 19517192 AT2G47580.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19517187	AT2G47580.1
TSS clone	`A`	clone	+	19517191	AT2G47580.1
TSS clone	`T`	clone	+	19517192	AT2G47580.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCTCC + 19517192 19517199 AT2G47580.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCTCC`	+	19517192	19517199	AT2G47580.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GAAGCCCAAA + 19516949 19516958 AT2G47580.1

AtREG476 GAAGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469   AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TGATGGGCTAA + 19517056 19517066 AT2G47580.1

AtREG635 TGATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   ATGGGCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571    TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATCGGCCCACTA + 19517075 19517086 AT2G47580.1

AtREG555 ATCGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG393 TCGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG532     GCCCACTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATTGGGCTAA + 19517093 19517104 AT2G47580.1

AtREG509 ATATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355 TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402   ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571     TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TGATGGGCTTATTAGGGCTTTA + 19517106 19517127 AT2G47580.1

AtREG635 TGATGGGC               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG378   ATGGGCTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG651             TAGGGCTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG365               GGGCTTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif