version
PlantPromoterDB promoter information of AT2G47540.1

Summary of Gene (AT2G47540.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 2  
Locus AT2G47540  TAIR      NCBI 
Gene model AT2G47540.1  
Description pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 6 plant structures; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen Ole e 1 allergen and extensin (InterPro:IPR006041); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein (TAIR:AT4G02270.1); Has 87 Blast hits to 87 proteins in 17 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 87; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19516551-19517750)

Genome position     
from initiation codon
AT2G47580.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT2G47540.1                      5'->3' (+)
Promoter sequence








 
AT2G47570.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47540.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCAATTG+1950521919505226-682-675
 AtREG647CCCAATTG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGCCCATTAG+1950530219505309-599-592
 AtREG558CCCATTAG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+19517173AT2G47580.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+19517187AT2G47580.1
TSS cloneAclone+19517191AT2G47580.1
TSS cloneTclone+19517192AT2G47580.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTCTCC+1951719219517199AT2G47580.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGAAGCCCAAA+1951694919516958AT2G47580.1
 AtREG476GAAGCCCA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG469  AGCCCAAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTGATGGGCTAA+1951705619517066AT2G47580.1
 AtREG635TGATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG581  ATGGGCTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571   TGGGCTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGATCGGCCCACTA+1951707519517086AT2G47580.1
 AtREG555ATCGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG393 TCGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG532    GCCCACTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATATTGGGCTAA+1951709319517104AT2G47580.1
 AtREG509ATATTGGG     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG355 TATTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402  ATTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG571    TGGGCTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTGATGGGCTTATTAGGGCTTTA+1951710619517127AT2G47580.1
 AtREG635TGATGGGC               PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG378  ATGGGCTT             PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG426   TGGGCTTA            PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462    GGGCTTAT           PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG651            TAGGGCTT   PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG365              GGGCTTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.