PlantPromoterDB promoter information of AT2G47630

Summary of Gene (AT2G47630)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G47630 TAIR NCBI
Gene model	AT2G47630
Description	esterase/lipase/thioesterase family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: esterase/lipase/thioesterase family protein (TAIR:AT3G62860.1); Has 1686 Blast hits to 1682 proteins in 561 species: Archae - 17; Bacteria - 974; Metazoa - 101; Fungi - 71; Plants - 243; Viruses - 48; Other Eukaryotes - 232 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19533637-19534836)

`Genome position from initiation codon` `AT2G47620.1 AT2G47630.1 TSS from cDNA TSS information AT2G47630 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47630

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 19534600 -37

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	19534600	-37

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 19534503 -134

TSS clone C clone + 19534601 -36

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	19534503	-134
TSS clone	`C`	clone	+	19534601	-36

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TTTCTATAAATT + 19534559 19534570 -78 -67

Y Patch TCTCTCTCTC + 19534610 19534619 -27 -18

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TTTCTATAAATT`	+	19534559	19534570	-78	-67
Y Patch	`TCTCTCTCTC`	+	19534610	19534619	-27	-18
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGACTTT + 19534326 19534333 -311 -304

AtREG632 TTGACTTT PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG ACACGCGCC + 19534453 19534461 -184 -176

AtREG385 ACACGCGC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif ACACNNG

AtREG486 CACGCGCC PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGACTTT`		+	19534326	19534333	-311	-304
	AtREG632	`TTGACTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`ACACGCGCC`		+	19534453	19534461	-184	-176
	AtREG385	`ACACGCGC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif	`ACACNNG`
	AtREG486	`CACGCGCC`		PPDB Motif	`ACGCGC`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None