PlantPromoterDB promoter information of AT2G47840.1

Summary of Gene (AT2G47840.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G47840 TAIR NCBI
Gene model	AT2G47840.1
Description	tic20 protein-related; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G55710.1); Has 272 Blast hits to 272 proteins in 73 species: Archae - 0; Bacteria - 107; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 50; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19595957-19594758)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT2G47840.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT2G47844.1 AT2G47850.1 AT2G47850.2 AT2G47850.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G47840.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 18 - 19594987 -30

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	18	-	19594987	-30

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 19595001 -44

TSS clone C clone - 19595000 -43

TSS clone G clone - 19594986 -29

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19595001	-44
TSS clone	`C`	clone	-	19595000	-43
TSS clone	`G`	clone	-	19594986	-29

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTT - 19595016 19595023 -59 -66

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTT`	-	19595016	19595023	-59	-66
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAAACGGCAGCGTTT - 19595043 19595057 -86 -100

AtREG531 AAAACGGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500 AAACGGCA       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAGTCGGCCCAATTA - 19595093 19595108 -136 -151

AtREG582 TAAGTCGG         PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG393     TCGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414      CGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352       GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418        GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG600         CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TATAGGCCCATTTA - 19595115 19595128 -158 -171

AtREG487 TATAGGCC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG362 ATAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG358   TAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361     GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386      GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG443       CCCATTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAAACGGCAGCGTTT`		-	19595043	19595057	-86	-100
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TAAGTCGGCCCAATTA`		-	19595093	19595108	-136	-151
	AtREG582	`TAAGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG393	`TCGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG418	`GCCCAATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG600	`CCCAATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TATAGGCCCATTTA`		-	19595115	19595128	-158	-171
	AtREG487	`TATAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG362	`ATAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG358	`TAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG443	`CCCATTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 10 + 19595681 AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	10	+	19595681	AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 19595680 AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3

TSS clone T clone - 19594909 AT2G47830.1, AT2G47830.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	19595680	AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3
TSS clone	`T`	clone	-	19594909	AT2G47830.1, AT2G47830.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CTCGCGCG + 19595387 19595394 AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3

AtREG512 CTCGCGCG PPDB Motif ACGCGC PLACE Motif

REG CGTCATTT + 19595418 19595425 AT2G47850.1, AT2G47850.2, AT2G47850.3

AtREG657 CGTCATTT PPDB Motif PLACE Motif