PlantPromoterDB promoter information of AT2G48140

Summary of Gene (AT2G48140)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	2
Locus	AT2G48140 TAIR NCBI
Gene model	AT2G48140
Description	embryo sac development arrest 4 (EDA4); FUNCTIONS IN: lipid binding; INVOLVED IN: megagametogenesis, lipid transport; LOCATED IN: anchored to membrane; EXPRESSED IN: embryo, hypocotyl, flower, root; EXPRESSED DURING: C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage (InterPro:IPR016140), Plant lipid transfer protein/seed storage/trypsin-alpha amylase inhibitor (InterPro:IPR003612); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: protease inhibitor/seed storage/lipid transfer protein (LTP)-related (TAIR:AT1G05450.2); Has 338 Blast hits to 323 proteins in 48 species: Archae - 0; Bacteria - 34; Metazoa - 23; Fungi - 2; Plants - 261; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 2: 19685442-19686641)

`Genome position from initiation codon` `AT2G48140.1 TSS from cDNA TSS information AT2G48140 5'->3' (+) Promoter sequence AT2G48130.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT2G48140

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 + 19685779 -663

TSS peak A 8 + 19686439 -3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	+	19685779	-663
TSS peak	`A`	8	+	19686439	-3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 19686409 -33

TSS clone T clone + 19686410 -32

TSS clone T clone + 19686413 -29

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	19686409	-33
TSS clone	`T`	clone	+	19686410	-32
TSS clone	`T`	clone	+	19686413	-29

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ATCTATAAAGC + 19686398 19686408 -44 -34

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ATCTATAAAGC`	+	19686398	19686408	-44	-34
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTAAGGCC + 19685727 19685734 -715 -708

AtREG416 TTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGCCACGTAG + 19686150 19686160 -292 -282

AtREG508 ACGCCACG    PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

AtREG371 CGCCACGT   ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG413   GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG495    CCACGTAG PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTAAGGCC`		+	19685727	19685734	-715	-708
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACGCCACGTAG`		+	19686150	19686160	-292	-282
	AtREG508	`ACGCCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
	AtREG371	`CGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG413	`GCCACGTA`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG495	`CCACGTAG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 13 - 19685993 AT2G48130.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	13	-	19685993	AT2G48130.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 19685987 AT2G48130.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	19685987	AT2G48130.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTCCTATAA - 19686025 19686033 AT2G48130.1

Y Patch TTCCTCCT - 19686029 19686036 AT2G48130.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTCCTATAA`	-	19686025	19686033	AT2G48130.1
Y Patch	`TTCCTCCT`	-	19686029	19686036	AT2G48130.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTAAAGCC - 19686098 19686105 AT2G48130.1

AtREG545 TTAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ATATTGGG - 19686137 19686144 AT2G48130.1

AtREG509 ATATTGGG PPDB Motif PLACE Motif

REG CTACGTGGCGT - 19686150 19686160 AT2G48130.1

AtREG495 CTACGTGG    PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG413 TACGTGGC   PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG371   ACGTGGCG ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG508    CGTGGCGT PPDB Motif PLACE Motif GCCAC