version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G01290

Summary of Gene (AT3G01290)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G01290  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G01290  
Description band 7 family protein; INVOLVED IN: N-terminal protein myristoylation; LOCATED IN: mitochondrion, plasma membrane, vacuole, membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Band 7 protein (InterPro:IPR001107); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: band 7 family protein (TAIR:AT5G62740.1); Has 5287 Blast hits to 5286 proteins in 1196 species: Archae - 142; Bacteria - 3001; Metazoa - 507; Fungi - 175; Plants - 165; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 1294 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 86206-85007)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G01290                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G01280.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence










 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01290

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA77-89425-69

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxTGTCTATATAAC-8944989460-93-104
Y PatchCTTTCTTCTCTTC-8942689438-70-82
Y PatchTCTTCTTCTT-8946689475-110-119
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGACTTT-8955389560-197-204
 AtREG632TTGACTTT PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA8+85649AT3G01280.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+85613AT3G01280.1
TSS cloneTclone+85616AT3G01280.1
TSS cloneAclone+85637AT3G01280.1
TSS cloneGclone+85638AT3G01280.1
TSS cloneTclone+85664AT3G01280.1
TSS cloneGclone+85692AT3G01280.1
TSS cloneTclone+85694AT3G01280.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTCT+8560085608AT3G01280.1
Y PatchTCTCTCTCTCTT+8565185662AT3G01280.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAACGACGCCGTTTA+8544585460AT3G01280.1
 AtREG565TAAACGAC         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG415 AAACGACG        PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG439  AACGACGC       PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG537   ACGACGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG540     GACGCCGT    PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG497      ACGCCGTT   PPDB MotifAAACG(C/G), CCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG524       CGCCGTTT  PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG613        GCCGTTTA PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
REGTTGCCACGTA+8546285471AT3G01280.1
 AtREG452TTGCCACG   PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG379 TGCCACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG413  GCCACGTA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGATCCAACGG+8555685564AT3G01280.1
 AtREG586ATCCAACG  PPDB MotifCCAACGG  PLACE Motif 
 AtREG554 TCCAACGG PPDB MotifCCAACGG  PLACE MotifYAACKG, CNGTTR 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.