PlantPromoterDB promoter information of AT3G01370.1

Summary of Gene (AT3G01370.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G01370 TAIR NCBI
Gene model	AT3G01370.1
Description	Encodes a protein containing a CRM domain that is involved in group I and group II intron splicing.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 138033-139232)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G01370.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G01360.1 AT3G01360.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01370.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 16 + 139027 -6

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	16	+	139027	-6

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 139011 -22

TSS clone A clone + 139014 -19

TSS clone G clone + 139028 -5

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	139011	-22
TSS clone	`A`	clone	+	139014	-19
TSS clone	`G`	clone	+	139028	-5

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATAAACCGGAAA + 138833 138844 -200 -189

AtREG598 ATAAACCG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG534    AACCGGAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG644     ACCGGAAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CCGACCCGACCCGAA + 138848 138862 -185 -171

AtREG375 CCGACCCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383 CGACCCGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGAC      PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG597        GACCCGAA PPDB Motif GGGACCC PLACE Motif

REG AGCCCAATAA + 138887 138896 -146 -137

AtREG402 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417   CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATATGGGCCTAC + 138901 138912 -132 -121

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358    TGGGCCTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG435     GGGCCTAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG CACGTGACA + 138953 138961 -80 -72

AtREG583 CACGTGAC PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG606 ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATAAACCGGAAA`		+	138833	138844	-200	-189
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`AAACCGGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG534	`AACCGGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG644	`ACCGGAAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CCGACCCGACCCGAA`		+	138848	138862	-185	-171
	AtREG375	`CCGACCCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG597	`GACCCGAA`		PPDB Motif	`GGGACCC`	PLACE Motif
REG	`AGCCCAATAA`		+	138887	138896	-146	-137
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATATGGGCCTAC`		+	138901	138912	-132	-121
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG435	`GGGCCTAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`CACGTGACA`		+	138953	138961	-80	-72
	AtREG583	`CACGTGAC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG606	`ACGTGACA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None