PlantPromoterDB promoter information of AT3G01440

Summary of Gene (AT3G01440)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G01440 TAIR NCBI
Gene model	AT3G01440
Description	oxygen evolving enhancer 3 (PsbQ) family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: photosynthesis, light reaction; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast photosystem II, chloroplast thylakoid lumen, chloroplast, oxygen evolving complex; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem II oxygen evolving complex protein PsbQ (InterPro:IPR008797); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplast, putative (PSBQ1) (PSBQ) (TAIR:AT4G21280.2); Has 110 Blast hits to 110 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 167478-168677)

`Genome position from initiation codon` `AT3G01440.1 TSS from cDNA TSS information AT3G01440 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G01435.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01440

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 168437 -41

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	168437	-41

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 168435 -43

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	168435	-43

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAACGGCGT + 168179 168187 -299 -291

AtREG524 AAACGGCG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG497 AACGGCGT PPDB Motif AAACG(C/G), CCAACGG PLACE Motif

REG TGTCACGTAAAACGGCACG + 168285 168303 -193 -175

AtREG606 TGTCACGT            ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

AtREG531         AAAACGGC    PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG500          AAACGGCA   PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG522            ACGGCACG PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAACGGCGT`		+	168179	168187	-299	-291
	AtREG524	`AAACGGCG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG497	`AACGGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), CCAACGG`	PLACE Motif
REG	`TGTCACGTAAAACGGCACG`		+	168285	168303	-193	-175
	AtREG606	`TGTCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
	AtREG531	`AAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG500	`AAACGGCA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG522	`ACGGCACG`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 13 - 168235 AT3G01435.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	13	-	168235	AT3G01435.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 168241 AT3G01435.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	168241	AT3G01435.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTCCCTC - 168205 168212 AT3G01435.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTCCCTC`	-	168205	168212	AT3G01435.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CGTGCCGTTTTACGTGACA - 168285 168303 AT3G01435.1

AtREG522 CGTGCCGT            PPDB Motif PLACE Motif

AtREG500   TGCCGTTT          PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531    GCCGTTTT         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG606            ACGTGACA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG