PlantPromoterDB promoter information of AT3G01700

Summary of Gene (AT3G01700)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G01700 TAIR NCBI
Gene model	AT3G01700
Description	Encodes an arabinogalactan protein that is expressed in pollen, pollen sac and pollen tube. Loss of AGP11 function results in decreased fertility due to defects in pollen tube growth.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 257981-259180)

`Genome position from initiation codon` `AT3G01690.1 AT3G01700.1 TSS from cDNA TSS information AT3G01700 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01700

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 258007 -974

TSS peak A 33 + 258879 -102

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	258007	-974
TSS peak	`A`	33	+	258879	-102

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 258879 -102

TSS clone T clone + 258880 -101

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	258879	-102
TSS clone	`T`	clone	+	258880	-101

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CATATAAATC + 258842 258851 -139 -130

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CATATAAATC`	+	258842	258851	-139	-130
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGTGGGCCTGA + 258650 258660 -331 -321

AtREG612 TGTGGGCC    DREB1Aox PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 GTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370   TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374    GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATGGCCCAAT + 258670 258679 -311 -302

AtREG437 ATGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG420 TGGCCCAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG GCCCATTT + 258788 258795 -193 -186

AtREG386 GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGTGGGCCTGA`		+	258650	258660	-331	-321
	AtREG612	`TGTGGGCC`	DREB1Aox	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`GTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ATGGCCCAAT`		+	258670	258679	-311	-302
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG420	`TGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`GCCCATTT`		+	258788	258795	-193	-186
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None