PlantPromoterDB promoter information of AT3G01800.1

Summary of Gene (AT3G01800.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G01800 TAIR NCBI
Gene model	AT3G01800.1
Description	ribosome recycling factor family protein / ribosome releasing factor family protein; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosome recycling factor, bacterial-like (InterPro:IPR015998), Ribosome recycling factor (InterPro:IPR002661); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RRF (RIBOSOME RECYCLING FACTOR, CHLOROPLAST PRECURSOR) (TAIR:AT3G63190.1); Has 5299 Blast hits to 5299 proteins in 1469 species: Archae - 0; Bacteria - 2911; Metazoa - 102; Fungi - 44; Plants - 57; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2185 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 285020-286219)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G01800.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G01790.1 AT3G01790.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01800.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 285872 -148

TSS clone peak C clone + 285875 -145

TSS clone C clone + 285919 -101

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	285872	-148
TSS clone peak	`C`	clone	+	285875	-145
TSS clone	`C`	clone	+	285919	-101

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTTATATATG + 285840 285850 -180 -170

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTTATATATG`	+	285840	285850	-180	-170
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGGTTA + 285705 285712 -315 -308

AtREG503 ACCGGTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG GGGCTATT + 285799 285806 -221 -214

AtREG584 GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGGTTA`		+	285705	285712	-315	-308
	AtREG503	`ACCGGTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`GGGCTATT`		+	285799	285806	-221	-214
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 285760 AT3G01790.1, AT3G01790.2

TSS clone peak C clone - 285743 AT3G01790.1, AT3G01790.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	285760	AT3G01790.1, AT3G01790.2
TSS clone peak	`C`	clone	-	285743	AT3G01790.1, AT3G01790.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCCCTCC - 285762 285769 AT3G01790.1, AT3G01790.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCCCTCC`	-	285762	285769	AT3G01790.1, AT3G01790.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AATAGCCC - 285799 285806 AT3G01790.1, AT3G01790.2

AtREG584 AATAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif