version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G01810.2

Summary of Gene (AT3G01810.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G01810  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G01810.2  
Description FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nucleolar protein gar2-related (TAIR:AT2G42320.2); Has 1293 Blast hits to 384 proteins in 97 species: Archae - 2; Bacteria - 96; Metazoa - 212; Fungi - 99; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 825 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 278818-280017)

Genome position     
from initiation codon
AT3G01780.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G01810.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence







 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01810.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA2+288597-621

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAGCGCGT+288382288389-836-829
 AtREG492AAGCGCGT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
REGCGCCGTTT+288436288443-782-775
 AtREG524CGCCGTTT PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+279100AT3G01780.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+279060AT3G01780.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTTCTTCTTCC+279071279082AT3G01780.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATAAGCCCA-278901278909AT3G01770.1
 AtREG462ATAAGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG426 TAAGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGCATTGGGCTTTA-278914278925AT3G01770.1
 AtREG461CATTGGGC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG402 ATTGGGCT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCCCAATAA-278943278950AT3G01770.1
 AtREG417CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGCGTGCCGT-278968278975AT3G01770.1
 AtREG522CGTGCCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGAAGCGCGTGCCGT-278999279011AT3G01770.1
 AtREG492AAGCGCGT      PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG381 AGCGCGTG     PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG522     CGTGCCGT PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTACTGGGC+278813278820AT3G01780.1
 AtREG434TACTGGGC PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTGGGCTTAT+278901278909AT3G01780.1
 AtREG426TGGGCTTA  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG462 GGGCTTAT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTAAAGCCCAATG+278914278925AT3G01780.1
 AtREG365TAAAGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376 AAAGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  AAGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402   AGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG461    GCCCAATG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGTTATTGGG+278943278950AT3G01780.1
 AtREG417TTATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGACGGCACG+278968278975AT3G01780.1
 AtREG522ACGGCACG PPDB Motif  PLACE Motif 
REGACGGCACGCGCTT+278999279011AT3G01780.1
 AtREG522ACGGCACG      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG381    CACGCGCT  PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 
 AtREG492     ACGCGCTT PPDB MotifACGCGC  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.