PlantPromoterDB promoter information of AT3G01980

Summary of Gene (AT3G01980)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G01980 TAIR NCBI
Gene model	AT3G01980
Description	short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, binding, catalytic activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: peroxisome; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD(P)-binding (InterPro:IPR016040), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein (TAIR:AT3G55290.2); Has 28072 Blast hits to 28066 proteins in 1715 species: Archae - 143; Bacteria - 17671; Metazoa - 848; Fungi - 1117; Plants - 688; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7605 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 329833-328634)

`Genome position from initiation codon` `AT3G01980.1 AT3G01980.2 AT3G01980.3 AT3G01980.4 TSS from cDNA TSS information AT3G01980 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G01980

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 - 328905 -72

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	-	328905	-72

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 329031 -198

TSS clone T clone - 329024 -191

TSS clone T clone - 329021 -188

TSS clone G clone - 328964 -131

TSS clone A clone - 328955 -122

TSS clone A clone - 328904 -71

TSS clone A clone - 328882 -49

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	329031	-198
TSS clone	`T`	clone	-	329024	-191
TSS clone	`T`	clone	-	329021	-188
TSS clone	`G`	clone	-	328964	-131
TSS clone	`A`	clone	-	328955	-122
TSS clone	`A`	clone	-	328904	-71
TSS clone	`A`	clone	-	328882	-49

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TCTTTATA - 328931 328938 -98 -105

Y Patch CTCCCTCCCTCC - 328887 328898 -54 -65

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TCTTTATA`	-	328931	328938	-98	-105
Y Patch	`CTCCCTCCCTCC`	-	328887	328898	-54	-65
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CGCCGTTTT - 328982 328990 -149 -157

AtREG524 CGCCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG531 GCCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AGTGGGCTTTTT - 329110 329121 -277 -288

AtREG510 AGTGGGCT     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518 GTGGGCTT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376   TGGGCTTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409    GGGCTTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG589     GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TCTGGGCCTTG - 329123 329133 -290 -300

AtREG397 TCTGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG410 CTGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353   TGGGCCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG398    GGGCCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CGCCGTTTT`		-	328982	328990	-149	-157
	AtREG524	`CGCCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG531	`GCCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTTTTT`		-	329110	329121	-277	-288
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TCTGGGCCTTG`		-	329123	329133	-290	-300
	AtREG397	`TCTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG410	`CTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG398	`GGGCCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None