version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G02220.1

Summary of Gene (AT3G02220.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G02220  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G02220.1  
Description unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 159 Blast hits to 159 proteins in 72 species: Archae - 1; Bacteria - 2; Metazoa - 93; Fungi - 4; Plants - 25; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 34 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 414536-413337)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G02220.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence





 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence

 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02220.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG8-413597-61

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-413633-97
TSS cloneCclone-413629-93
TSS cloneCclone-413627-91
TSS cloneCclone-413622-86
TSS cloneAclone-413555-19

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCCTCT-413572413579-36-43
Y PatchCCTCTTCTTC-413598413607-62-71
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTAATTGGG-413646413653-110-117
 AtREG600TAATTGGG PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATTGGGCCGT-413681413690-145-154
 AtREG352ATTGGGCC   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG414 TTGGGCCG  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG368  TGGGCCGT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
REGAGATGGGCTTTTA-413701413713-165-177
 AtREG572AGATGGGC      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG378  ATGGGCTT    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376   TGGGCTTT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG409    GGGCTTTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG549     GGCTTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGNoneNoneNone


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.