PlantPromoterDB promoter information of AT3G02450.1

Summary of Gene (AT3G02450.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G02450 TAIR NCBI
Gene model	AT3G02450.1
Description	cell division protein ftsH, putative; FUNCTIONS IN: in 6 functions; LOCATED IN: integral to membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), Peptidase M41, FtsH extracellular (InterPro:IPR011546); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FTSH6 (FTSH PROTEASE 6); ATP-dependent peptidase/ ATPase/ metallopeptidase/ peptidase/ zinc ion binding (TAIR:AT5G15250.1); Has 29914 Blast hits to 28201 proteins in 1898 species: Archae - 923; Bacteria - 10733; Metazoa - 4167; Fungi - 2480; Plants - 1767; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 9824 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 506030-504831)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G02450.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G02460.1 AT3G02460.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02450.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 505209 -179

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	505209	-179

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 505230 -200

TSS clone G clone - 505170 -140

TSS clone A clone - 505147 -117

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	505230	-200
TSS clone	`G`	clone	-	505170	-140
TSS clone	`A`	clone	-	505147	-117

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCTT - 505197 505204 -167 -174

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCTT`	-	505197	505204	-167	-174
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GCCCAATG - 505275 505282 -245 -252

AtREG461 GCCCAATG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAGGCCCATG - 505305 505316 -275 -286

AtREG459 AAAAGGCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    AGGCCCAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504     GGCCCATG PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG AGCCCAATAG - 505319 505328 -289 -298

AtREG402 AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355 GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG624   CCCAATAG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAGCCCAAAA - 505337 505348 -307 -318

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   AAGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG469    AGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG529     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TAATTGGG - 505417 505424 -387 -394

AtREG600 TAATTGGG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTAT - 505475 505482 -445 -452

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GCCCAATG`		-	505275	505282	-245	-252
	AtREG461	`GCCCAATG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAGGCCCATG`		-	505305	505316	-275	-286
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`AGCCCAATAG`		-	505319	505328	-289	-298
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG624	`CCCAATAG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAGCCCAAAA`		-	505337	505348	-307	-318
	AtREG462	`ATAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG407	`AAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG469	`AGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`TAATTGGG`		-	505417	505424	-387	-394
	AtREG600	`TAATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTAT`		-	505475	505482	-445	-452
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 5 + 505654 AT3G02460.1, AT3G02460.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	5	+	505654	AT3G02460.1, AT3G02460.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 505434 AT3G02460.1, AT3G02460.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	505434	AT3G02460.1, AT3G02460.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTTC + 505678 505685 AT3G02460.1, AT3G02460.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTTC`	+	505678	505685	AT3G02460.1, AT3G02460.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCCAATTA + 505417 505424 AT3G02460.1, AT3G02460.2

AtREG600 CCCAATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAAGCC + 505475 505482 AT3G02460.1, AT3G02460.2

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG ACGGCGTCGTTTC + 505589 505601 AT3G02460.1, AT3G02460.2

AtREG540 ACGGCGTC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG537   GGCGTCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG439    GCGTCGTT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG415     CGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576      GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif