PlantPromoterDB promoter information of AT3G02630.1

Summary of Gene (AT3G02630.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G02630 TAIR NCBI
Gene model	AT3G02630.1
Description	acyl-(acyl-carrier-protein) desaturase, putative / stearoyl-ACP desaturase, putative; FUNCTIONS IN: acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase activity, oxidoreductase activity, transition metal ion binding; INVOLVED IN: fatty acid metabolic process, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078), Fatty acid desaturase, type 2 (InterPro:IPR005067); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: acyl-(acyl-carrier-protein) desaturase, putative / stearoyl-ACP desaturase, putative (TAIR:AT5G16240.1); Has 567 Blast hits to 564 proteins in 126 species: Archae - 0; Bacteria - 200; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 312; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 561164-562363)

`Genome position from initiation codon` `AT3G02620.1 TSS from cDNA TSS information AT3G02630.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02630.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 562062 -102

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	562062	-102

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 562033 -131

TSS clone T clone + 562053 -111

TSS clone C clone + 562054 -110

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	562033	-131
TSS clone	`T`	clone	+	562053	-111
TSS clone	`C`	clone	+	562054	-110

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTTCTTCTTC + 562037 562046 -127 -118

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTTCTTCTTC`	+	562037	562046	-127	-118
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATGGGCCTTAC + 561804 561816 -360 -348

AtREG394 TTATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG351     GGGCCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG530      GGCCTTAC PPDB Motif PLACE Motif

REG GCGTTTTA + 561865 561872 -299 -292

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TATGGCCCATGGGCTTG + 561898 561914 -266 -250

AtREG479 TATGGCCC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG437 ATGGCCCA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   TGGCCCAT        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG504    GGCCCATG       PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG591      CCCATGGG     PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG507     GCCCATGGGC    PPDB Motif GCCCA, CCATGG PLACE Motif

AtREG378         ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525          TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG CGTAATTA + 561950 561957 -214 -207

AtREG646 CGTAATTA ABA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATGGGCCTTAC`		+	561804	561816	-360	-348
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG351	`GGGCCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG530	`GGCCTTAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GCGTTTTA`		+	561865	561872	-299	-292
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TATGGCCCATGGGCTTG`		+	561898	561914	-266	-250
	AtREG479	`TATGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG437	`ATGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG504	`GGCCCATG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG591	`CCCATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG507	`GCCCATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCATGG`	PLACE Motif
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG525	`TGGGCTTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`CGTAATTA`		+	561950	561957	-214	-207
	AtREG646	`CGTAATTA`	ABA	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None