version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G02800.1

Summary of Gene (AT3G02800.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G02800  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G02800.1  
Description phosphatase/ phosphoprotein phosphatase/ protein tyrosine phosphatase; FUNCTIONS IN: phosphatase activity, protein tyrosine phosphatase activity, phosphoprotein phosphatase activity; INVOLVED IN: dephosphorylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein-tyrosine phosphatase, active site (InterPro:IPR016130), Protein-tyrosine phosphatase, SIW14-like (InterPro:IPR004861); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tyrosine specific protein phosphatase family protein (TAIR:AT5G16480.1); Has 485 Blast hits to 476 proteins in 107 species: Archae - 0; Bacteria - 42; Metazoa - 5; Fungi - 252; Plants - 83; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 611454-610255)

Genome position     
from initiation codon
AT3G02810.1         
TSS from cDNA
TSS information
AT3G02800.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
                    
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence





 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02800.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakT4-607754-50

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-607886-182

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTATAAAAA-607791607799-87-95
Y PatchTTTCTCTCTTT-607734607744-30-40
Y PatchTCTTCTTCTC-607779607788-75-84
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGAAAACGACACGTGTCA-607960607975-256-271
 AtREG520AAAACGAC         PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG569 AAACGACA        PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG527  AACGACAC      DREB1Aox PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG428   ACGACACG     ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG478    CGACACGT    ABA, DREB1Aox, Drought PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366     GACACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG389        ACGTGTCAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS clone peakGclone-610985AT3G02810.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTACTGGGCTTTAAGGCC+611352611368AT3G02820.1
 AtREG434TACTGGGC          PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG376   TGGGCTTT       PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG365    GGGCTTTA      PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG545     GGCTTTAA     PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG416         TTAAGGCC PPDB Motif  PLACE Motif 
REGTTAATGGGCTTC+611404611415AT3G02820.1
 AtREG396TTAATGGG     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 
 AtREG357 TAATGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG372  AATGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG378   ATGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG476    TGGGCTTC PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGATAAACCGGGTCAAA+611436611450AT3G02820.1
 AtREG598ATAAACCG        PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412 TAAACCGG       PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG455   AACCGGGT     PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG463    ACCGGGTC    PPDB MotifAACCG(G/A), GGGACCC  PLACE Motif 
 AtREG592       GGGTCAAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC, TTGACC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.