PlantPromoterDB promoter information of AT3G02820.1

Summary of Gene (AT3G02820.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G02820 TAIR NCBI
Gene model	AT3G02820.1
Description	zinc knuckle (CCHC-type) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: cell cycle, replication fork protection, response to DNA damage stimulus; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Replication fork protection component Swi3 (InterPro:IPR012923), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878); Has 310 Blast hits to 310 proteins in 102 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 145; Fungi - 74; Plants - 50; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 610573-611772)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G02820.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G02810.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02820.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 2 + 611536 -37

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	2	+	611536	-37

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 611536 -37

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	611536	-37

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACTGGGCTTTAAGGCC + 611352 611368 -221 -205

AtREG434 TACTGGGC          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376    TGGGCTTT       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG365     GGGCTTTA      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG545      GGCTTTAA     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG416          TTAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAATGGGCTTC + 611404 611415 -169 -158

AtREG396 TTAATGGG     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372   AATGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378    ATGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG476     TGGGCTTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG ATAAACCGGGTCAAA + 611436 611450 -137 -123

AtREG598 ATAAACCG        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455    AACCGGGT     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG463     ACCGGGTC    PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

AtREG592        GGGTCAAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACTGGGCTTTAAGGCC`		+	611352	611368	-221	-205
	AtREG434	`TACTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG365	`GGGCTTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG545	`GGCTTTAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG416	`TTAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTAATGGGCTTC`		+	611404	611415	-169	-158
	AtREG396	`TTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG476	`TGGGCTTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`ATAAACCGGGTCAAA`		+	611436	611450	-137	-123
	AtREG598	`ATAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`TAAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG455	`AACCGGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG463	`ACCGGGTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG592	`GGGTCAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 610985 AT3G02810.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	610985	AT3G02810.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None