PlantPromoterDB promoter information of AT3G02910

Summary of Gene (AT3G02910)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G02910 TAIR NCBI
Gene model	AT3G02910
Description	FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Butirosin biosynthesis, BtrG-like (InterPro:IPR013024), AIG2-like (InterPro:IPR009288); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G46720.1); Has 210 Blast hits to 210 proteins in 66 species: Archae - 2; Bacteria - 27; Metazoa - 122; Fungi - 0; Plants - 41; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 18 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 648986-650185)

`Genome position from initiation codon` `AT3G02910.1 TSS from cDNA TSS information AT3G02910 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G02910

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 649811 -175

TSS clone C clone + 649813 -173

TSS clone A clone + 649814 -172

TSS clone peak A clone + 649823 -163

TSS clone A clone + 649877 -109

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	649811	-175
TSS clone	`C`	clone	+	649813	-173
TSS clone	`A`	clone	+	649814	-172
TSS clone peak	`A`	clone	+	649823	-163
TSS clone	`A`	clone	+	649877	-109

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGCTATATAAAC + 649775 649786 -211 -200

Y Patch TCTCTCTCTCTCTCTTTCTCT + 649849 649869 -137 -117

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGCTATATAAAC`	+	649775	649786	-211	-200
Y Patch	`TCTCTCTCTCTCTCTTTCTCT`	+	649849	649869	-137	-117
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCACACGT + 649683 649690 -303 -296

AtREG588 TCACACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG

REG AAACGCGT + 649783 649790 -203 -196

AtREG633 AAACGCGT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TCGGTTTAA + 649793 649801 -193 -185

AtREG514 TCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG473 CGGTTTAA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAAGCCCTA + 649813 649822 -173 -164

AtREG559 CAAAGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG651 AAGCCCTA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCACACGT`		+	649683	649690	-303	-296
	AtREG588	`TCACACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG`
REG	`AAACGCGT`		+	649783	649790	-203	-196
	AtREG633	`AAACGCGT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TCGGTTTAA`		+	649793	649801	-193	-185
	AtREG514	`TCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG473	`CGGTTTAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CAAAGCCCTA`		+	649813	649822	-173	-164
	AtREG559	`CAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG651	`AAGCCCTA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None