PlantPromoterDB promoter information of AT3G03010.2

Summary of Gene (AT3G03010.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G03010 TAIR NCBI
Gene model	AT3G03010.2
Description	aminoacyl-tRNA hydrolase; FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA hydrolase activity; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidyl-tRNA hydrolase, PTH2 (InterPro:IPR002833); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aminoacyl-tRNA hydrolase (TAIR:AT5G16870.1); Has 625 Blast hits to 625 proteins in 230 species: Archae - 158; Bacteria - 4; Metazoa - 158; Fungi - 86; Plants - 40; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 171 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 681137-679938)

`Genome position from initiation codon` `AT3G03010.1 TSS from cDNA TSS information AT3G03010.2 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G03020.1 AT3G03020.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G03010.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 680576 -439

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	680576	-439

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 680602 -465

TSS clone A clone - 680572 -435

TSS clone C clone - 680571 -434

TSS clone A clone - 680496 -359

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	680602	-465
TSS clone	`A`	clone	-	680572	-435
TSS clone	`C`	clone	-	680571	-434
TSS clone	`A`	clone	-	680496	-359

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CAAAGGCCCAAAT - 680646 680658 -509 -521

AtREG656 CAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421      GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCCGTT - 680667 680678 -530 -541

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377     GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CAAAGGCCCAAAT`		-	680646	680658	-509	-521
	AtREG656	`CAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG421	`GCCCAAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAATGGGCCGTT`		-	680667	680678	-530	-541
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG368	`TGGGCCGT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG377	`GGGCCGTT`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 + 680898 AT3G03020.1, AT3G03020.2

TSS peak A 4 + 681052 AT3G03020.1, AT3G03020.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	+	680898	AT3G03020.1, AT3G03020.2
TSS peak	`A`	4	+	681052	AT3G03020.1, AT3G03020.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone G clone + 680962 AT3G03020.1, AT3G03020.2

TSS clone A clone + 680987 AT3G03020.1, AT3G03020.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`G`	clone	+	680962	AT3G03020.1, AT3G03020.2
TSS clone	`A`	clone	+	680987	AT3G03020.1, AT3G03020.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT + 680875 680882 AT3G03020.1, AT3G03020.2

Y Patch TTTCTTCTC + 680920 680928 AT3G03020.1, AT3G03020.2

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	680875	680882	AT3G03020.1, AT3G03020.2
Y Patch	`TTTCTTCTC`	+	680920	680928	AT3G03020.1, AT3G03020.2
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ATTTGGGCCTTTG + 680646 680658 AT3G03020.1, AT3G03020.2

AtREG421 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG656      GGCCTTTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGGCCCATTT + 680667 680678 AT3G03020.1, AT3G03020.2

AtREG377 AACGGCCC     PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif