PlantPromoterDB promoter information of AT3G03020.2

Summary of Gene (AT3G03020.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G03020 TAIR NCBI
Gene model	AT3G03020.2
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; Has 4 Blast hits to 4 proteins in 1 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 4; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 680077-681276)

`Genome position from initiation codon` `AT3G03020.1 TSS from cDNA TSS information AT3G03020.2 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G03010.1 AT3G03010.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G03020.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 + 680898 -179

TSS peak A 4 + 681052 -25

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	+	680898	-179
TSS peak	`A`	4	+	681052	-25

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone + 680962 -115

TSS clone A clone + 680987 -90

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	+	680962	-115
TSS clone	`A`	clone	+	680987	-90

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCT + 680875 680882 -202 -195

Y Patch TTTCTTCTC + 680920 680928 -157 -149

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCT`	+	680875	680882	-202	-195
Y Patch	`TTTCTTCTC`	+	680920	680928	-157	-149
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ATTTGGGCCTTTG + 680646 680658 -431 -419

AtREG421 ATTTGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG373 TTTGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   TTGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG353    TGGGCCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG359     GGGCCTTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG656      GGCCTTTG PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGGCCCATTT + 680667 680678 -410 -399

AtREG377 AACGGCCC     PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC

AtREG368 ACGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ATTTGGGCCTTTG`		+	680646	680658	-431	-419
	AtREG421	`ATTTGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG373	`TTTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG353	`TGGGCCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG359	`GGGCCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG656	`GGCCTTTG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACGGCCCATTT`		+	680667	680678	-410	-399
	AtREG377	`AACGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA, AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`CGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 - 680576 AT3G03010.1, AT3G03010.2

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	-	680576	AT3G03010.1, AT3G03010.2

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone - 680602 AT3G03010.1, AT3G03010.2

TSS clone A clone - 680572 AT3G03010.1, AT3G03010.2

TSS clone C clone - 680571 AT3G03010.1, AT3G03010.2

TSS clone A clone - 680496 AT3G03010.1, AT3G03010.2

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	-	680602	AT3G03010.1, AT3G03010.2
TSS clone	`A`	clone	-	680572	AT3G03010.1, AT3G03010.2
TSS clone	`C`	clone	-	680571	AT3G03010.1, AT3G03010.2
TSS clone	`A`	clone	-	680496	AT3G03010.1, AT3G03010.2

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CAAAGGCCCAAAT - 680646 680658 AT3G03010.1, AT3G03010.2

AtREG656 CAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373     GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG421      GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAATGGGCCGTT - 680667 680678 AT3G03010.1, AT3G03010.2

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG368    TGGGCCGT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG377     GGGCCGTT PPDB Motif GCCCA, AAACG(C/G) PLACE Motif GGGCC