PlantPromoterDB promoter information of AT3G03600.1

Summary of Gene (AT3G03600.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G03600 TAIR NCBI
Gene model	AT3G03600.1
Description	Structural component of the mitochondrial ribosome small subunit

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 869506-868307)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G03600.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G03610.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G03600.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 10 - 868568 -62

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	10	-	868568	-62

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 868578 -72

TSS clone A clone - 868577 -71

TSS clone A clone - 868572 -66

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	868578	-72
TSS clone	`A`	clone	-	868577	-71
TSS clone	`A`	clone	-	868572	-66

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TCTTCCTC - 868588 868595 -82 -89

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TCTTCCTC`	-	868588	868595	-82	-89
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGACCCGACCCGAC - 868620 868634 -114 -128

AtREG375 CCGACCCGACCCG   PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG383 CGACCCGACCCGA PPDB Motif PLACE Motif

AtREG390   GACCCGACCCGAC PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG405    ACCCGACC     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442     CCCGACCC    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG AAATGGGCCGG - 868668 868678 -162 -172

AtREG386 AAATGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380   ATGGGCCG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG457    TGGGCCGG CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

REG ATCCGGTTTAC - 868710 868720 -204 -214

AtREG561 ATCCGGTT    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG519    CGGTTTAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CGACCCGGTTTG - 868723 868734 -217 -228

AtREG494 CGACCCGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG463 GACCCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

AtREG455   ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG496     CCGGTTTG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGACCCGACCCGAC`		-	868620	868634	-114	-128
	AtREG375	`CCGACCCGACCCG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG383	`CGACCCGACCCGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG390	`GACCCGACCCGAC`		PPDB Motif	`CCGAC, GGGACCC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG442	`CCCGACCC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`AAATGGGCCGG`		-	868668	868678	-162	-172
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG457	`TGGGCCGG`	CK	PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
REG	`ATCCGGTTTAC`		-	868710	868720	-204	-214
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG519	`CGGTTTAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`CGACCCGGTTTG`		-	868723	868734	-217	-228
	AtREG494	`CGACCCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG496	`CCGGTTTG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone + 868873 AT3G03610.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	+	868873	AT3G03610.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTTTCTCTC + 868864 868872 AT3G03610.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTTTCTCTC`	+	868864	868872	AT3G03610.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GTCGGGTCGGGTCGG + 868620 868634 AT3G03610.1

AtREG390 GTCGGGTCGGGTC   PPDB Motif CCGAC, GGGACCC PLACE Motif CCGAC

AtREG383 TCGGGTCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG375   CGGGTCGGGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG442    GGGTCGGG     PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG405     GGTCGGGT    PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG CCGGCCCATTT + 868668 868678 AT3G03610.1

AtREG457 CCGGCCCA    CK PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380 CGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361   GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386    GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GTAAACCGGAT + 868710 868720 AT3G03610.1

AtREG519 GTAAACCG    PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412 TAAACCGG   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521   AAACCGGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG561    AACCGGAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG CAAACCGGGTCG + 868723 868734 AT3G03610.1

AtREG496 CAAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG455   AACCGGGT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG463    ACCGGGTC PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

AtREG494     CCGGGTCG PPDB Motif PLACE Motif