PlantPromoterDB promoter information of AT3G04500.1

Summary of Gene (AT3G04500.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G04500 TAIR NCBI
Gene model	AT3G04500.1
Description	RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), RNA recognition motif-related (InterPro:IPR015464); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UBP1B (oligouridylate binding protein 1B); mRNA 3'-UTR binding (TAIR:AT1G17370.2); Has 10169 Blast hits to 8298 proteins in 506 species: Archae - 0; Bacteria - 623; Metazoa - 5880; Fungi - 1176; Plants - 1670; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 820 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1214795-1213596)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G04500.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G04500.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 13 - 1213812 -17

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	13	-	1213812	-17

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 1213848 -53

TSS clone A clone - 1213847 -52

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	1213848	-53
TSS clone	`A`	clone	-	1213847	-52

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTTCTTCT - 1213763 1213772 32 23

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTTCTTCT`	-	1213763	1213772	32	23
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CTATTGGGCCTCAGCCCAATAA - 1213900 1213921 -105 -126

AtREG624 CTATTGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG352   ATTGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    TTGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447     TGGGCCTC           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG587      GGGCCTCA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG609           TCAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402             AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355 TATTGGGC    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417               CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTTT - 1213931 1213938 -136 -143

AtREG589 GGCTTTTT PPDB Motif PLACE Motif

REG ATCCGGTTTAGCCACGT - 1213989 1214005 -194 -210

AtREG561 ATCCGGTT          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG521 TCCGGTTT         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG412   CCGGTTTA        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG511    CGGTTTAG       PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG450          AGCCACGT ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CTATTGGGCCTCAGCCCAATAA`		-	1213900	1213921	-105	-126
	AtREG624	`CTATTGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG352	`ATTGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`TTGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG447	`TGGGCCTC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG587	`GGGCCTCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`TATTGGGC GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTTT`		-	1213931	1213938	-136	-143
	AtREG589	`GGCTTTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ATCCGGTTTAGCCACGT`		-	1213989	1214005	-194	-210
	AtREG561	`ATCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG521	`TCCGGTTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG412	`CCGGTTTA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG511	`CGGTTTAG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG450	`AGCCACGT`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None