PlantPromoterDB promoter information of AT3G04830.1

Summary of Gene (AT3G04830.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G04830 TAIR NCBI
Gene model	AT3G04830.1
Description	binding; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide region (InterPro:IPR013026); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: binding (TAIR:AT5G28220.1); Has 403 Blast hits to 397 proteins in 158 species: Archae - 23; Bacteria - 36; Metazoa - 173; Fungi - 71; Plants - 23; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 77 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1325289-1326488)

`Genome position from initiation codon` `AT3G04830.2 TSS from cDNA TSS information AT3G04830.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G04820.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G04830.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 10 + 1326240 -49

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	10	+	1326240	-49

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone + 1326238 -51

TSS clone T clone + 1326264 -25

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	+	1326238	-51
TSS clone	`T`	clone	+	1326264	-25

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAAACGC + 1325996 1326003 -293 -286

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG GACCCGGTTAT + 1326026 1326036 -263 -253

AtREG463 GACCCGGT    PPDB Motif AACCG(G/A), GGGACCC PLACE Motif

AtREG455 ACCCGGTT   PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG548    CCGGTTAT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR

REG TAAAACGCAGCGTTT + 1326111 1326125 -178 -164

AtREG564 TAAAACGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369      CGCAGCGT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG626        CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TTAAACCGAACCGGTTCA + 1326170 1326187 -119 -102

AtREG473 TTAAACCG           PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG514 TAAACCGA          PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG568   AAACCGAA         PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556    AACCGAAC        PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG451     ACCGAACC       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG456      CCGAACCG      PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG423       CGAACCGG     PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528        GAACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG480           CCGGTTCA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAAACGC`		+	1325996	1326003	-293	-286
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`GACCCGGTTAT`		+	1326026	1326036	-263	-253
	AtREG463	`GACCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A), GGGACCC`	PLACE Motif
	AtREG455	`ACCCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG548	`CCGGTTAT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif	`CNGTTR`
REG	`TAAAACGCAGCGTTT`		+	1326111	1326125	-178	-164
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG369	`CGCAGCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TTAAACCGAACCGGTTCA`		+	1326170	1326187	-119	-102
	AtREG473	`TTAAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG514	`TAAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG568	`AAACCGAA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG451	`ACCGAACC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG456	`CCGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG423	`CGAACCGG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`GAACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG480	`CCGGTTCA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None