PlantPromoterDB promoter information of AT3G05060.1

Summary of Gene (AT3G05060.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G05060 TAIR NCBI
Gene model	AT3G05060.1
Description	SAR DNA-binding protein, putative, strong similarity to SAR DNA-binding protein-1 (Pisum sativum) GI:3132696; contains Pfam profile PF01798: Putative snoRNA binding domain; encodes NOP58-like protein

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1416564-1415365)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G05060.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G05070.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G05060.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 - 1415952 -388

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	-	1415952	-388

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 1415952 -388

TSS clone G clone - 1415944 -380

TSS clone T clone - 1415943 -379

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	1415952	-388
TSS clone	`G`	clone	-	1415944	-380
TSS clone	`T`	clone	-	1415943	-379

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TGCTATAA - 1415973 1415980 -409 -416

Y Patch TCTTCTTCCTCTCTCTC - 1415911 1415927 -347 -363

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TGCTATAA`	-	1415973	1415980	-409	-416
Y Patch	`TCTTCTTCCTCTCTCTC`	-	1415911	1415927	-347	-363
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG GGCGTTTTA - 1416004 1416012 -440 -448

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG AAATACCCCTTA - 1416021 1416032 -457 -468

AtREG602 AAATACCC     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG614 AATACCCC    PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

AtREG636     ACCCCTTA PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

REG TCAGGCCCATTAA - 1416068 1416080 -504 -516

AtREG374 TCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361    GGCCCATT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG357     GCCCATTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG396      CCCATTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

REG AACGGGCC - 1416101 1416108 -537 -544

AtREG401 AACGGGCC PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

REG TAAAACGCC - 1416126 1416134 -562 -570

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG650 AAAACGCC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`GGCGTTTTA`		-	1416004	1416012	-440	-448
	AtREG650	`GGCGTTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG564	`GCGTTTTA`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`AAATACCCCTTA`		-	1416021	1416032	-457	-468
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG614	`AATACCCC`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
	AtREG636	`ACCCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCCT`	PLACE Motif
REG	`TCAGGCCCATTAA`		-	1416068	1416080	-504	-516
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG357	`GCCCATTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG396	`CCCATTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TTAATGG`
REG	`AACGGGCC`		-	1416101	1416108	-537	-544
	AtREG401	`AACGGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`TAAAACGCC`		-	1416126	1416134	-562	-570
	AtREG564	`TAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG650	`AAAACGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 1416148 AT3G05070.1

TSS clone peak A clone + 1416169 AT3G05070.1

TSS clone A clone + 1416170 AT3G05070.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	1416148	AT3G05070.1
TSS clone peak	`A`	clone	+	1416169	AT3G05070.1
TSS clone	`A`	clone	+	1416170	AT3G05070.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch TTCTCTTCC + 1416138 1416146 AT3G05070.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`TTCTCTTCC`	+	1416138	1416146	AT3G05070.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TAAAACGCC + 1416004 1416012 AT3G05070.1

AtREG564 TAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG650 AAAACGCC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TAAGGGGTATTT + 1416021 1416032 AT3G05070.1

AtREG636 TAAGGGGT     PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

AtREG614    GGGGTATT PPDB Motif ACCCCT PLACE Motif

AtREG602     GGGTATTT PPDB Motif PLACE Motif

REG TTAATGGGCCTGA + 1416068 1416080 AT3G05070.1

AtREG396 TTAATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TTAATGG

AtREG357 TAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG GGCCCGTT + 1416101 1416108 AT3G05070.1

AtREG401 GGCCCGTT PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

REG GGCGTTTTA + 1416126 1416134 AT3G05070.1

AtREG650 GGCGTTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG564 GCGTTTTA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif