PlantPromoterDB promoter information of AT3G05120.1

Summary of Gene (AT3G05120.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G05120 TAIR NCBI
Gene model	AT3G05120.1
Description	Encodes a gibberellin (GA) receptor ortholog of the rice GA receptor gene (OsGID1). Has GA-binding activity, showing higher affinity to GA4. Interacts with DELLA proteins in vivo in the presence of GA4. The DELLA region alone can interact with GID1A in GA-dependent manner in a Y2H assay.

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1423182-1424381)

`Genome position from initiation codon` `AT3G05100.1 TSS from cDNA TSS information AT3G05120.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G05090.1 AT3G05090.2 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G05120.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 + 1430525 -157

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	+	1430525	-157

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 1430449 -233

TSS clone T clone + 1430453 -229

TSS clone A clone + 1430486 -196

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	1430449	-233
TSS clone	`T`	clone	+	1430453	-229
TSS clone	`A`	clone	+	1430486	-196

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TGAGGCCCAC + 1430261 1430270 -421 -412

AtREG587 TGAGGCCC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG482 AGGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TGAGGCCCAC`		+	1430261	1430270	-421	-412
	AtREG587	`TGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG482	`AGGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 1424096 AT3G05100.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	1424096	AT3G05100.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak G clone - 1423664 AT3G05090.1, AT3G05090.2

TSS clone peak T clone - 1423581 AT3G05090.1, AT3G05090.2

TSS clone A clone + 1424096 AT3G05100.1

TSS clone C clone + 1424097 AT3G05100.1

TSS clone G clone + 1424100 AT3G05100.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`G`	clone	-	1423664	AT3G05090.1, AT3G05090.2
TSS clone peak	`T`	clone	-	1423581	AT3G05090.1, AT3G05090.2
TSS clone	`A`	clone	+	1424096	AT3G05100.1
TSS clone	`C`	clone	+	1424097	AT3G05100.1
TSS clone	`G`	clone	+	1424100	AT3G05100.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TACTATAA + 1424063 1424070 AT3G05100.1

Y Patch TCTCTCCTCTTTCT + 1424131 1424144 AT3G05100.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TACTATAA`	+	1424063	1424070	AT3G05100.1
Y Patch	`TCTCTCCTCTTTCT`	+	1424131	1424144	AT3G05100.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCAATAAG - 1423750 1423757 AT3G05090.1, AT3G05090.2

AtREG611 CCAATAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTAACCG + 1424005 1424012 AT3G05100.1

AtREG645 TTTAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif CNGTTR