version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G05560.2

Summary of Gene (AT3G05560.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G05560  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G05560.2  
Description 60S ribosomal protein L22-2 (RPL22B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, nucleolus, plasma membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L22e (InterPro:IPR002671); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L22 (RPL22C) (TAIR:AT5G27770.1); Has 492 Blast hits to 492 proteins in 173 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 251; Fungi - 89; Plants - 73; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 79 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1616891-1618090)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G05560.2                      5'->3' (+)
Promoter sequence

 
AT3G05570.1         
AT3G05580.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (-)
Promoter sequence







 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G05560.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA51+1614200-441

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCAATTGGG+16140831614090-558-551
 AtREG647CAATTGGG PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA21-1617328AT3G05570.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGTAAGGGTA-16173871617394AT3G05570.1
 AtREG570TAAGGGTA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGTTCGGTTTAT-16174981617507AT3G05570.1
 AtREG568TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG598  CGGTTTAT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGTTAAACCGAA-16175271617536AT3G05570.1
 AtREG473TTAAACCG   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG514 TAAACCGA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568  AAACCGAA PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGATCCGGTTTAC-16175391617549AT3G05570.1
 AtREG561ATCCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG521 TCCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG412  CCGGTTTA  PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG519   CGGTTTAC PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.