PlantPromoterDB promoter information of AT3G06310.1

Summary of Gene (AT3G06310.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G06310 TAIR NCBI
Gene model	AT3G06310.1
Description	NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit (NDUFA8) family protein; FUNCTIONS IN: NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity; INVOLVED IN: mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CHCH (InterPro:IPR010625); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NADH-ubiquinone oxidoreductase 19 kDa subunit (NDUFA8) family protein (TAIR:AT5G18800.2); Has 234 Blast hits to 234 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 125; Fungi - 72; Plants - 35; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 1915174-1913975)

`Genome position from initiation codon` `AT3G06310.2 TSS from cDNA TSS information AT3G06310.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G06320.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G06310.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 5 - 1914358 -184

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	5	-	1914358	-184

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 1914357 -183

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	1914357	-183

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TCAAAACGCAGCGTTT - 1914409 1914424 -235 -250

AtREG653 TCAAAACG         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG585 CAAAACGC        PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG369       CGCAGCGT   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG626         CAGCGTTT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGAGCCCAATATCAGCCCA - 1914439 1914457 -265 -283

AtREG485 TGAGCCCA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533 GAGCCCAA           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA         PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG509     CCCAATAT        PPDB Motif PLACE Motif

AtREG609            TCAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AAATGGGCTATT - 1914462 1914473 -288 -299

AtREG386 AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG581   ATGGGCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG584     GGGCTATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TCAAAACGCAGCGTTT`		-	1914409	1914424	-235	-250
	AtREG653	`TCAAAACG`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
	AtREG585	`CAAAACGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif	`CAAAACGC`
	AtREG369	`CGCAGCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG626	`CAGCGTTT`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`TGAGCCCAATATCAGCCCA`		-	1914439	1914457	-265	-283
	AtREG485	`TGAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG533	`GAGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG402	`AGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG609	`TCAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
REG	`AAATGGGCTATT`		-	1914462	1914473	-288	-299
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG581	`ATGGGCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG584	`GGGCTATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak T clone + 1914512 AT3G06320.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`T`	clone	+	1914512	AT3G06320.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAACGCTGCGTTTTGA + 1914409 1914424 AT3G06320.1

AtREG626 AAACGCTG         PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG369   ACGCTGCG       PPDB Motif PLACE Motif

AtREG585        GCGTTTTG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG653         CGTTTTGA PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG TGGGCTGATATTGGGCTCA + 1914439 1914457 AT3G06320.1

AtREG609 TGGGCTGA            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG509        ATATTGGG     PPDB Motif PLACE Motif

AtREG355         TATTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG402          ATTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG533           TTGGGCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG485            TGGGCTCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG AATAGCCCATTT + 1914462 1914473 AT3G06320.1

AtREG584 AATAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG581   TAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG386     GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif