PlantPromoterDB promoter information of AT3G06680.2

Summary of Gene (AT3G06680.2)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G06680 TAIR NCBI
Gene model	AT3G06680.2
Description	60S ribosomal protein L29 (RPL29B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L29e (InterPro:IPR002673); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L29 (RPL29A) (TAIR:AT3G06700.3); Has 566 Blast hits to 566 proteins in 179 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 344; Fungi - 69; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 78 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2115724-2114525)

`Genome position from initiation codon` `AT3G06680.1 AT3G06690.1 TSS from cDNA TSS information AT3G06680.2 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G06680.2

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 2114879 -155

TSS clone T clone - 2114878 -154

TSS clone peak A clone - 2114877 -153

TSS clone G clone - 2114875 -151

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	2114879	-155
TSS clone	`T`	clone	-	2114878	-154
TSS clone peak	`A`	clone	-	2114877	-153
TSS clone	`G`	clone	-	2114875	-151

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCCC - 2114846 2114855 -122 -131

Y Patch TCTTTCCTCTC - 2114857 2114867 -133 -143

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCCC`	-	2114846	2114855	-122	-131
Y Patch	`TCTTTCCTCTC`	-	2114857	2114867	-133	-143
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TAAGCCCATATA - 2114944 2114955 -220 -231

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620     CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GAAGCCCATAT - 2114988 2114998 -264 -274

AtREG476 GAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378 AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG477   AGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG432    GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AACGGGCCTAAG - 2115039 2115050 -315 -326

AtREG401 AACGGGCC     PPDB Motif AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG PLACE Motif GGGCC

AtREG429 ACGGGCCT    PPDB Motif ACGGGC PLACE Motif GGGCC

AtREG360    GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG563     GGCCTAAG PPDB Motif PLACE Motif

REG AGTGGGCTAA - 2115077 2115086 -353 -362

AtREG510 AGTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG571   TGGGCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TAAGCCCATATA`		-	2114944	2114955	-220	-231
	AtREG426	`TAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GAAGCCCATAT`		-	2114988	2114998	-264	-274
	AtREG476	`GAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`AAGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG477	`AGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AACGGGCCTAAG`		-	2115039	2115050	-315	-326
	AtREG401	`AACGGGCC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G), ACGGGC, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG429	`ACGGGCCT`		PPDB Motif	`ACGGGC`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG563	`GGCCTAAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGTGGGCTAA`		-	2115077	2115086	-353	-362
	AtREG510	`AGTGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG571	`TGGGCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None