PlantPromoterDB promoter information of AT3G06700.3

Summary of Gene (AT3G06700.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G06700 TAIR NCBI
Gene model	AT3G06700.3
Description	60S ribosomal protein L29 (RPL29A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation, ribosome biogenesis; LOCATED IN: cytosolic large ribosomal subunit, ribosome, nucleolus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L29e (InterPro:IPR002673); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L29 (RPL29B) (TAIR:AT3G06680.2); Has 567 Blast hits to 567 proteins in 179 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 345; Fungi - 69; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 78 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2118800-2117601)

`Genome position from initiation codon` `AT3G06700.1 AT3G06700.2 TSS from cDNA TSS information AT3G06700.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G06710.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G06700.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 69 - 2117975 -175

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	69	-	2117975	-175

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone - 2117977 -177

TSS clone G clone - 2117975 -175

TSS clone C clone - 2117974 -174

TSS clone G clone - 2117972 -172

TSS clone C clone - 2117968 -168

TSS clone G clone - 2117931 -131

TSS clone T clone - 2117855 -55

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	-	2117977	-177
TSS clone	`G`	clone	-	2117975	-175
TSS clone	`C`	clone	-	2117974	-174
TSS clone	`G`	clone	-	2117972	-172
TSS clone	`C`	clone	-	2117968	-168
TSS clone	`G`	clone	-	2117931	-131
TSS clone	`T`	clone	-	2117855	-55

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CCACTATAAATT - 2118001 2118012 -201 -212

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CCACTATAAATT`	-	2118001	2118012	-201	-212
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AGAGGCCCATATA - 2118045 2118057 -245 -257

AtREG411 AGAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG447 GAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364    GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432     GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620      CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CAATGGGCTTAT - 2118085 2118096 -285 -296

AtREG551 CAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG372 AATGGGCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   ATGGGCTT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG426    TGGGCTTA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG462     GGGCTTAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAAGGCC - 2118114 2118121 -314 -321

AtREG459 AAAAGGCC PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AGAGGCCCATATA`		-	2118045	2118057	-245	-257
	AtREG411	`AGAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG447	`GAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CAATGGGCTTAT`		-	2118085	2118096	-285	-296
	AtREG551	`CAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG372	`AATGGGCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG378	`ATGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG426	`TGGGCTTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG462	`GGGCTTAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAAGGCC`		-	2118114	2118121	-314	-321
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 + 2118185 AT3G06710.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	+	2118185	AT3G06710.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG ACGGCGTC + 2117965 2117972 AT3G06710.1

AtREG540 ACGGCGTC PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCCTCT + 2118045 2118057 AT3G06710.1

AtREG620 TATATGGG      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG447     TGGGCCTC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG411      GGGCCTCT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ATAAGCCCATTG + 2118085 2118096 AT3G06710.1

AtREG462 ATAAGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG426 TAAGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG378   AAGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG372    AGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG551     GCCCATTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCCTTTT + 2118114 2118121 AT3G06710.1

AtREG459 GGCCTTTT PPDB Motif PLACE Motif