version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G06770.3

Summary of Gene (AT3G06770.3)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G06770  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G06770.3  
Description glycoside hydrolase family 28 protein / polygalacturonase (pectinase) family protein; FUNCTIONS IN: polygalacturonase activity; INVOLVED IN: response to cyclopentenone, carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Glycoside hydrolase, family 28 (InterPro:IPR000743), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glycoside hydrolase family 28 protein / polygalacturonase (pectinase) family protein (TAIR:AT5G49215.1); Has 1737 Blast hits to 1735 proteins in 255 species: Archae - 2; Bacteria - 483; Metazoa - 5; Fungi - 453; Plants - 700; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 92 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2144166-2142967)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G06770.3                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G06780.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G06770.3

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA8-2137334-718
TSS peakG5-2137122-506

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-2137129-513
TSS cloneTclone-2136977-361
TSS cloneGclone-2136962-346

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchTCTTTCTCTTCTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCT-21371232137156-507-540
Y PatchTCCTTCTCCTTCT-21371602137172-544-556
Y PatchCTTTCTTCT-21373032137311-687-695
Y PatchTCTTCTTCCTTC-21373212137332-705-716
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCCATTAA-21375232137530-907-914
 AtREG396CCCATTAA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTTAATGG 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+2143493AT3G06780.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneGclone+2143488AT3G06780.1
TSS cloneAclone+2143536AT3G06780.1
TSS cloneTclone+2143537AT3G06780.1
TSS cloneGclone+2143541AT3G06780.1
TSS cloneTclone+2143542AT3G06780.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCCTTC+21434742143481AT3G06780.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAGCCCAAC+21433452143352AT3G06780.1
 AtREG574AGCCCAAC PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTTGGGCTTT+21433602143369AT3G06780.1
 AtREG469TTTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 TTGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG376  TGGGCTTT PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTCACGTGTGA+21434012143410AT3G06780.1
 AtREG628TCACGTGT  DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG460 CACGTGTG ABA, DREB1Aox PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG588  ACGTGTGAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGAGACACGTGGCTT+21434192143431AT3G06780.1
 AtREG470AGACACGT     ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG366 GACACGTG    ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACGTGKC, ACACNNG, ACGTGTC 
 AtREG382  ACACGTGG   ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, CACGTG, ACACNNG 
 AtREG367   CACGTGGC  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, CACGTG, ACGTGKC, CACGTGGC 
 AtREG450    ACGTGGCT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG608     CGTGGCTTABA PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.