PlantPromoterDB promoter information of AT3G07110.1

Summary of Gene (AT3G07110.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G07110 TAIR NCBI
Gene model	AT3G07110.1
Description	60S ribosomal protein L13A (RPL13aA); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, large ribosomal subunit, membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L13 (InterPro:IPR005822), Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal (InterPro:IPR005755); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S ribosomal protein L13A (RPL13aD) (TAIR:AT5G48760.2); Has 1890 Blast hits to 1890 proteins in 584 species: Archae - 212; Bacteria - 573; Metazoa - 292; Fungi - 125; Plants - 164; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 524 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2251092-2252291)

`Genome position from initiation codon` `AT3G07110.2 TSS from cDNA TSS information AT3G07110.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07110.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 18 + 2252034 -58

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	18	+	2252034	-58

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 2252019 -73

TSS clone A clone + 2252029 -63

TSS clone A clone + 2252030 -62

TSS clone C clone + 2252035 -57

TSS clone G clone + 2252059 -33

TSS clone A clone + 2252074 -18

TSS clone G clone + 2252078 -14

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2252019	-73
TSS clone	`A`	clone	+	2252029	-63
TSS clone	`A`	clone	+	2252030	-62
TSS clone	`C`	clone	+	2252035	-57
TSS clone	`G`	clone	+	2252059	-33
TSS clone	`A`	clone	+	2252074	-18
TSS clone	`G`	clone	+	2252078	-14

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCCAATAT + 2251857 2251864 -235 -228

AtREG509 CCCAATAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AGATGGGCCTGA + 2251928 2251939 -164 -153

AtREG572 AGATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG403 GATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354   ATGGGCCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370    TGGGCCTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374     GGGCCTGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

REG ACGGCCCAATAA + 2251979 2251990 -113 -102

AtREG368 ACGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG414 CGGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352   GGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCCAATAT`		+	2251857	2251864	-235	-228
	AtREG509	`CCCAATAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AGATGGGCCTGA`		+	2251928	2251939	-164	-153
	AtREG572	`AGATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG403	`GATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
REG	`ACGGCCCAATAA`		+	2251979	2251990	-113	-102
	AtREG368	`ACGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG414	`CGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG352	`GGCCCAAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG355	`GCCCAATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG417	`CCCAATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None