version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G07700

Summary of Gene (AT3G07700)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G07700  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G07700  
Description ABC1 family protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATATH13; transporter (TAIR:AT5G64940.2); Has 7549 Blast hits to 7505 proteins in 1104 species: Archae - 67; Bacteria - 2628; Metazoa - 384; Fungi - 314; Plants - 355; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 3787 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2456091-2454892)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G07700                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G07680.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence






 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07700

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-2463864-623
TSS peakA8-2463762-521

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-2463846-605
TSS cloneGclone-2463642-401

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTCTCTCTC-24637912463804-550-563
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGACACC-24638272463834-586-593
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG8+2455316AT3G07680.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+2455290AT3G07680.1
TSS cloneGclone+2455307AT3G07680.1
TSS cloneCclone+2455331AT3G07680.1
TSS cloneGclone+2455332AT3G07680.1
TSS cloneCclone+2455339AT3G07680.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTTCTC+24553392455347AT3G07680.1
Y PatchTTCTCTCC+24553542455361AT3G07680.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGACACGTCAG+24550182455026AT3G07680.1
 AtREG517ACACGTCA ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG440 CACGTCAGABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
REGATGACGTGGCAAT+24551492455161AT3G07680.1
 AtREG483ATGACGTG      PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419 TGACGTGG     PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG388  GACGTGGC    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG379   ACGTGGCA  ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG452    CGTGGCAA  PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG654     GTGGCAAT PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGACGCCACGTA+24552012455210AT3G07680.1
 AtREG508ACGCCACG   PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
 AtREG371 CGCCACGT ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
 AtREG413  GCCACGTA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC 
REGGACGTCGTTTA+24552472455257AT3G07680.1
 AtREG431GACGTCGT    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG493 ACGTCGTT   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 
 AtREG415  CGTCGTTT  PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG565   GTCGTTTA PPDB Motif  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.