version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G07700

Summary of Gene (AT3G07700)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G07700  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G07700  
Description ABC1 family protein; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ABC-1 (InterPro:IPR004147), Protein kinase-like (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATATH13; transporter (TAIR:AT5G64940.2); Has 7549 Blast hits to 7505 proteins in 1104 species: Archae - 67; Bacteria - 2628; Metazoa - 384; Fungi - 314; Plants - 355; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 3787 (source: NCBI BLink).  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2457141-2455942)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G07700                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G07680.1         
AT3G07690.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence




 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07700

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakG4-2463864-623
TSS peakA8-2463762-521

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneTclone-2463846-605
TSS cloneGclone-2463642-401

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCCTCTCTCTCTCTC-24637912463804-550-563
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGACGACACC-24638272463834-586-593
 AtREG599ACGACACC PPDB Motif  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakG4+2457069AT3G07690.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+2457089AT3G07690.1
TSS cloneTclone+2457121AT3G07690.1

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGACGTGTCA+24569352456943AT3G07690.1
 AtREG481GACGTGTC ABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
 AtREG389 ACGTGTCAABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, ACGTGKC, ACGTGTC 
REGAGTTGGGCCCA+24570182457028AT3G07690.1
 AtREG607AGTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG449 GTTGGGCC   PPDB MotifGCCCA, CCAACGG  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG392  TTGGGCCC  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG422   TGGGCCCA PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.