version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G07740.2

Summary of Gene (AT3G07740.2)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G07740  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G07740.2  
Description encodes a transcriptional adaptor ADA2a that interacts with histone acetyltransferase GCN5 homolog and CBF1  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2467885-2466686)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G07740.2                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G07720.1         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07740.2

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA4-2473095-610

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneAclone-2473095-610

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGCCGACTTA-24731472473154-662-669
 AtREG582CCGACTTA PPDB MotifCCGAC  PLACE MotifCCGAC 
REGTAAGGGTA-24731682473175-683-690
 AtREG570TAAGGGTA PPDB MotifACCCT  PLACE Motif 
REGTTTCCGGT-24732802473287-795-802
 AtREG644TTTCCGGT PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA2+2467873AT3G07730.1

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available 

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTTCTCTC+24678462467853AT3G07730.1
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGATGACGTGGAT+24677332467743AT3G07730.1
 AtREG483ATGACGTG    PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 
 AtREG419 TGACGTGG   PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG, TGACGTGG, CCACGTCA 
 AtREG547   ACGTGGATABA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT, ACGTG 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.