PlantPromoterDB promoter information of AT3G07740.3

Summary of Gene (AT3G07740.3)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G07740 TAIR NCBI
Gene model	AT3G07740.3
Description	encodes a transcriptional adaptor ADA2a that interacts with histone acetyltransferase GCN5 homolog and CBF1

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2487385-2486186)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G07740.3 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G07780.1 AT3G07790.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07740.3

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 4 - 2473095 -460

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	4	-	2473095	-460

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone - 2473095 -460

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2473095	-460

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG CCGACTTA - 2473147 2473154 -512 -519

AtREG582 CCGACTTA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TAAGGGTA - 2473168 2473175 -533 -540

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TTTCCGGT - 2473280 2473287 -645 -652

AtREG644 TTTCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`CCGACTTA`		-	2473147	2473154	-512	-519
	AtREG582	`CCGACTTA`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TAAGGGTA`		-	2473168	2473175	-533	-540
	AtREG570	`TAAGGGTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TTTCCGGT`		-	2473280	2473287	-645	-652
	AtREG644	`TTTCCGGT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 + 2487372 AT3G07790.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	+	2487372	AT3G07790.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 2487376 AT3G07790.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2487376	AT3G07790.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG GCCCAAAT + 2487180 2487187 AT3G07790.1

AtREG421 GCCCAAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG TCAAAACG + 2487278 2487285 AT3G07790.1

AtREG653 TCAAAACG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CAAAACGCGT + 2487315 2487324 AT3G07790.1

AtREG585 CAAAACGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif CAAAACGC

AtREG566 AAAACGCG PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG633 AAACGCGT PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif