PlantPromoterDB promoter information of AT3G07750.1

Summary of Gene (AT3G07750.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G07750 TAIR NCBI
Gene model	AT3G07750.1
Description	3' exoribonuclease family domain 1-containing protein; FUNCTIONS IN: 3'-5'-exoribonuclease activity, RNA binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 (InterPro:IPR001247); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RRP45a (Ribonuclease PH45a); 3'-5'-exoribonuclease/ RNA binding (TAIR:AT3G12990.2); Has 1078 Blast hits to 1076 proteins in 235 species: Archae - 205; Bacteria - 31; Metazoa - 296; Fungi - 206; Plants - 93; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 247 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2472486-2473685)

`Genome position from initiation codon` `AT3G07750.2 TSS from cDNA TSS information AT3G07750.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G07740.1 AT3G07740.2 AT3G07740.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G07750.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak C clone + 2473241 -245

TSS clone peak T clone + 2473242 -244

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`C`	clone	+	2473241	-245
TSS clone peak	`T`	clone	+	2473242	-244

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTCTCTCTT + 2473236 2473247 -250 -239

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTCTCTCTT`	+	2473236	2473247	-250	-239
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCTAGA + 2472958 2472965 -528 -521

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TAAGTCGG + 2473147 2473154 -339 -332

AtREG582 TAAGTCGG PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TACCCTTA + 2473168 2473175 -318 -311

AtREG570 TACCCTTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCTAGA`		+	2472958	2472965	-528	-521
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`TAAGTCGG`		+	2473147	2473154	-339	-332
	AtREG582	`TAAGTCGG`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
REG	`TACCCTTA`		+	2473168	2473175	-318	-311
	AtREG570	`TACCCTTA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 4 - 2473095 AT3G07740.2, AT3G07740.1, AT3G07740.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	4	-	2473095	AT3G07740.2, AT3G07740.1, AT3G07740.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone - 2473095 AT3G07740.2, AT3G07740.1, AT3G07740.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	-	2473095	AT3G07740.2, AT3G07740.1, AT3G07740.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG CCGACTTA - 2473147 2473154 AT3G07740.1, AT3G07740.2, AT3G07740.3

AtREG582 CCGACTTA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

REG TAAGGGTA - 2473168 2473175 AT3G07740.1, AT3G07740.2, AT3G07740.3

AtREG570 TAAGGGTA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG TTTCCGGT - 2473280 2473287 AT3G07740.1, AT3G07740.2, AT3G07740.3

AtREG644 TTTCCGGT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif