PlantPromoterDB promoter information of AT3G08640.1

Summary of Gene (AT3G08640.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G08640 TAIR NCBI
Gene model	AT3G08640.1
Description	alphavirus core protein family; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G08630.1); Has 10912 Blast hits to 4701 proteins in 450 species: Archae - 4; Bacteria - 2405; Metazoa - 4145; Fungi - 556; Plants - 2369; Viruses - 93; Other Eukaryotes - 1340 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2621992-2623191)

`Genome position from initiation codon` `AT3G08630.1 AT3G08636.1 TSS from cDNA TSS information AT3G08640.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G08640.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 8 + 2622887 -105

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	8	+	2622887	-105

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 2622880 -112

TSS clone A clone + 2622881 -111

TSS clone A clone + 2622887 -105

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2622880	-112
TSS clone	`A`	clone	+	2622881	-111
TSS clone	`A`	clone	+	2622887	-105

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATGGGCACGTGGG + 2622761 2622775 -231 -217

AtREG394 TTATGGGC        PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG464        CACGTGGG ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

REG CGCACGTGGGAAATGGGCCGAT + 2622798 2622819 -194 -173

AtREG541 CGCACGTG               PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG464   CACGTGGG             ABA, Auxin, JA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, CACGTG

AtREG386           AAATGGGC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361            AATGGGCC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG380             ATGGGCCG   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG393              TGGGCCGA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG555               GGGCCGAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATGGGCACGTGGG`		+	2622761	2622775	-231	-217
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG464	`CACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
REG	`CGCACGTGGGAAATGGGCCGAT`		+	2622798	2622819	-194	-173
	AtREG541	`CGCACGTG`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG464	`CACGTGGG`	ABA, Auxin, JA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, CACGTG`
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG380	`ATGGGCCG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG393	`TGGGCCGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG555	`GGGCCGAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None