PlantPromoterDB promoter information of AT3G08920

Summary of Gene (AT3G08920)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G08920 TAIR NCBI
Gene model	AT3G08920
Description	rhodanese-like domain-containing protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rhodanese-like (InterPro:IPR001763); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rhodanese-like domain-containing protein (TAIR:AT2G42220.1); Has 151 Blast hits to 151 proteins in 36 species: Archae - 0; Bacteria - 36; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 79; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 35 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2711274-2712473)

`Genome position from initiation codon` `AT3G08920.1 TSS from cDNA TSS information AT3G08920 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G08910.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G08920

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 17 + 2712236 -38

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	17	+	2712236	-38

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone A clone + 2712262 -12

TSS clone A clone + 2712270 -4

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`A`	clone	+	2712262	-12
TSS clone	`A`	clone	+	2712270	-4

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATACCCGACCGGTTC + 2711938 2711954 -336 -320

AtREG602 AAATACCC          PPDB Motif PLACE Motif

AtREG405     ACCCGACC      PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC

AtREG552         GACCGGTT PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG528          ACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG ACCGGTTC + 2711970 2711977 -304 -297

AtREG528 ACCGGTTC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG TGGTTCGG + 2711984 2711991 -290 -283

AtREG655 TGGTTCGG PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAGTCAA + 2712005 2712012 -269 -262

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG GGTGTCGTTTC + 2712036 2712046 -238 -228

AtREG599 GGTGTCGT    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 GTGTCGTT   DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569   TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG576    GTCGTTTC PPDB Motif PLACE Motif

REG TTTGACCC + 2712096 2712103 -178 -171

AtREG592 TTTGACCC PPDB Motif PLACE Motif TTGAC, TTGACC

REG GGGCCTAAA + 2712167 2712175 -107 -99

AtREG360 GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430 GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATACCCGACCGGTTC`		+	2711938	2711954	-336	-320
	AtREG602	`AAATACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG405	`ACCCGACC`		PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC`
	AtREG552	`GACCGGTT`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`ACCGGTTC`		+	2711970	2711977	-304	-297
	AtREG528	`ACCGGTTC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`TGGTTCGG`		+	2711984	2711991	-290	-283
	AtREG655	`TGGTTCGG`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAGTCAA`		+	2712005	2712012	-269	-262
	AtREG632	`AAAGTCAA`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC`
REG	`GGTGTCGTTTC`		+	2712036	2712046	-238	-228
	AtREG599	`GGTGTCGT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`GTGTCGTT`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`TGTCGTTT`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG576	`GTCGTTTC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TTTGACCC`		+	2712096	2712103	-178	-171
	AtREG592	`TTTGACCC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`TTGAC, TTGACC`
REG	`GGGCCTAAA`		+	2712167	2712175	-107	-99
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone peak A clone - 2711892 AT3G08910.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone peak	`A`	clone	-	2711892	AT3G08910.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None