PlantPromoterDB promoter information of AT3G09080.1

Summary of Gene (AT3G09080.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09080 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09080.1
Description	transducin family protein / WD-40 repeat family protein; FUNCTIONS IN: nucleotide binding; LOCATED IN: CUL4 RING ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, D bilateral stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat-like (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, region (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transducin family protein / WD-40 repeat family protein (TAIR:AT3G49660.1); Has 11046 Blast hits to 7089 proteins in 331 species: Archae - 36; Bacteria - 2713; Metazoa - 3924; Fungi - 1952; Plants - 817; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1604 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2782785-2781586)

`Genome position from initiation codon` `AT3G09090.1 AT3G09090.2 TSS from cDNA TSS information AT3G09080.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G09085.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09080.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 4 - 2781847 -62

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	4	-	2781847	-62

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTCTC - 2781854 2781866 -69 -81

Y Patch CATCTCTC - 2781885 2781892 -100 -107

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTCTC`	-	2781854	2781866	-69	-81
Y Patch	`CATCTCTC`	-	2781885	2781892	-100	-107
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTATGGGCCCATTT - 2782015 2782028 -230 -243

AtREG394 TTATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361      GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386       GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTAT - 2782037 2782044 -252 -259

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCCTGAAAAGCCCAC - 2782054 2782075 -269 -290

AtREG620 TATATGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG409             AAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376              AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518               AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTATGGGCCCATTT`		-	2782015	2782028	-230	-243
	AtREG394	`TTATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`GGCTTTAT`		-	2782037	2782044	-252	-259
	AtREG601	`GGCTTTAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TATATGGGCCTGAAAAGCCCAC`		-	2782054	2782075	-269	-290
	AtREG620	`TATATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG432	`ATATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG364	`TATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG370	`TGGGCCTG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG374	`GGGCCTGA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG409	`AAAAGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG376	`AAAGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG518	`AAGCCCAC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 8 + 2782153 AT3G09085.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	8	+	2782153	AT3G09085.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone T clone + 2782151 AT3G09085.1

TSS clone C clone + 2782154 AT3G09085.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2782151	AT3G09085.1
TSS clone	`C`	clone	+	2782154	AT3G09085.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATAAATC + 2782116 2782125 AT3G09085.1

Y Patch CCTCTTCT + 2782136 2782143 AT3G09085.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATAAATC`	+	2782116	2782125	AT3G09085.1
Y Patch	`CCTCTTCT`	+	2782136	2782143	AT3G09085.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAATGGGCCCATAA + 2782015 2782028 AT3G09085.1

AtREG386 AAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364      GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394       GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAAGCC + 2782037 2782044 AT3G09085.1

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGCTTTTCAGGCCCATATA + 2782054 2782075 AT3G09085.1

AtREG518 GTGGGCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376 TGGGCTTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409   GGGCTTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG374          TCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370           CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354            AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364             GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432              GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620               CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif