PlantPromoterDB promoter information of AT3G09085.1

Summary of Gene (AT3G09085.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09085 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09085.1
Description	unknown protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2253, membrane (InterPro:IPR018722); Has 550 Blast hits to 550 proteins in 186 species: Archae - 0; Bacteria - 294; Metazoa - 0; Fungi - 2; Plants - 21; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 233 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2781238-2782437)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G09085.1 5'->3' (+) Promoter sequence AT3G09080.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09085.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 8 + 2782153 -85

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	8	+	2782153	-85

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone T clone + 2782151 -87

TSS clone C clone + 2782154 -84

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`T`	clone	+	2782151	-87
TSS clone	`C`	clone	+	2782154	-84

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATAAATC + 2782116 2782125 -122 -113

Y Patch CCTCTTCT + 2782136 2782143 -102 -95

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATAAATC`	+	2782116	2782125	-122	-113
Y Patch	`CCTCTTCT`	+	2782136	2782143	-102	-95
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG AAATGGGCCCATAA + 2782015 2782028 -223 -210

AtREG386 AAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364      GGCCCATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG394       GCCCATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATAAAGCC + 2782037 2782044 -201 -194

AtREG601 ATAAAGCC PPDB Motif PLACE Motif

REG GTGGGCTTTTCAGGCCCATATA + 2782054 2782075 -184 -163

AtREG518 GTGGGCTT               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG376 TGGGCTTT              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG409   GGGCTTTT             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG374          TCAGGCCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370           CAGGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354            AGGCCCAT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG364             GGCCCATA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG432              GCCCATAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG620               CCCATATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`AAATGGGCCCATAA`		+	2782015	2782028	-223	-210
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG391	`ATGGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG422	`TGGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG394	`GCCCATAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`ATAAAGCC`		+	2782037	2782044	-201	-194
	AtREG601	`ATAAAGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`GTGGGCTTTTCAGGCCCATATA`		+	2782054	2782075	-184	-163
	AtREG518	`GTGGGCTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG376	`TGGGCTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`TGGGCY`
	AtREG409	`GGGCTTTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG374	`TCAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`AGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG364	`GGCCCATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG432	`GCCCATAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG620	`CCCATATA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak G 4 - 2781847 AT3G09080.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`G`	4	-	2781847	AT3G09080.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTCTCTCTCTC - 2781854 2781866 AT3G09080.1

Y Patch CATCTCTC - 2781885 2781892 AT3G09080.1

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTCTCTCTCTC`	-	2781854	2781866	AT3G09080.1
Y Patch	`CATCTCTC`	-	2781885	2781892	AT3G09080.1
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG TTATGGGCCCATTT - 2782015 2782028 AT3G09080.1

AtREG394 TTATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364 TATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG391   ATGGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG422    TGGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361      GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386       GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG GGCTTTAT - 2782037 2782044 AT3G09080.1

AtREG601 GGCTTTAT PPDB Motif PLACE Motif

REG TATATGGGCCTGAAAAGCCCAC - 2782054 2782075 AT3G09080.1

AtREG620 TATATGGG               PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG432 ATATGGGC              PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG364   TATGGGCC             PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT            PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG370     TGGGCCTG           PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG374      GGGCCTGA          PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG409             AAAAGCCC   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG376              AAAGCCCA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG518               AAGCCCAC PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY