PlantPromoterDB promoter information of AT3G09200.1

Summary of Gene (AT3G09200.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09200 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09200.1
Description	60S acidic ribosomal protein P0 (RPP0B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translational elongation, response to salt stress, response to cold, translation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813), Ribosomal protein L10 (InterPro:IPR001790); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S acidic ribosomal protein P0 (RPP0C) (TAIR:AT3G11250.1); Has 1212 Blast hits to 1209 proteins in 357 species: Archae - 223; Bacteria - 1; Metazoa - 420; Fungi - 182; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 277 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2826020-2824821)

`Genome position from initiation codon` `AT3G09200.2 AT3G09210.1 TSS from cDNA TSS information AT3G09200.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09200.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 28 - 2825088 -68

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	28	-	2825088	-68

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 2825114 -94

TSS clone T clone - 2825093 -73

TSS clone T clone - 2825091 -71

TSS clone T clone - 2825090 -70

TSS clone A clone - 2825088 -68

TSS clone C clone - 2825087 -67

TSS clone G clone - 2825086 -66

TSS clone T clone - 2825085 -65

TSS clone A clone - 2825039 -19

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	2825114	-94
TSS clone	`T`	clone	-	2825093	-73
TSS clone	`T`	clone	-	2825091	-71
TSS clone	`T`	clone	-	2825090	-70
TSS clone	`A`	clone	-	2825088	-68
TSS clone	`C`	clone	-	2825087	-67
TSS clone	`G`	clone	-	2825086	-66
TSS clone	`T`	clone	-	2825085	-65
TSS clone	`A`	clone	-	2825039	-19

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box ACTATAAAAC - 2825116 2825125 -96 -105

Y Patch CTCTCTCT - 2825073 2825080 -53 -60

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`ACTATAAAAC`	-	2825116	2825125	-96	-105
Y Patch	`CTCTCTCT`	-	2825073	2825080	-53	-60
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCCTAGA - 2825155 2825162 -135 -142

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

REG ACCGTTAG - 2825182 2825189 -162 -169

AtREG603 ACCGTTAG PPDB Motif PLACE Motif YAACKG, CNGTTR

REG CCGTCAGA - 2825214 2825221 -194 -201

AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif PLACE Motif

REG AAAAGGCCCAACA - 2825230 2825242 -210 -222

AtREG459 AAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359 AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353   AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356    AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG449     GGCCCAAC PPDB Motif GCCCA, CCAACGG PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG543      GCCCAACA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif CAACA

REG TAAATGGGCCTAAT - 2825248 2825261 -228 -241

AtREG443 TAAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG386 AAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG506       GGCCTAAT PPDB Motif PLACE Motif

REG AACGACGACGT - 2825298 2825308 -278 -288

AtREG648 AACGACGA    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG526    GACGACGT PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCCTAGA`		-	2825155	2825162	-135	-142
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif
REG	`ACCGTTAG`		-	2825182	2825189	-162	-169
	AtREG603	`ACCGTTAG`		PPDB Motif		PLACE Motif	`YAACKG, CNGTTR`
REG	`CCGTCAGA`		-	2825214	2825221	-194	-201
	AtREG622	`CCGTCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AAAAGGCCCAACA`		-	2825230	2825242	-210	-222
	AtREG459	`AAAAGGCC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG359	`AAAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG353	`AAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG449	`GGCCCAAC`		PPDB Motif	`GCCCA, CCAACGG`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG543	`GCCCAACA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`CAACA`
REG	`TAAATGGGCCTAAT`		-	2825248	2825261	-228	-241
	AtREG443	`TAAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG386	`AAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG506	`GGCCTAAT`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`AACGACGACGT`		-	2825298	2825308	-278	-288
	AtREG648	`AACGACGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG526	`GACGACGT`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT`

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None