PlantPromoterDB promoter information of AT3G09390

Summary of Gene (AT3G09390)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09390 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09390
Description	metallothionein, binds to and detoxifies excess copper and other metals, limiting oxidative damage

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2871788-2870589)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G09390 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G09350.1 AT3G09350.2 AT3G09350.3 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09390

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 44 - 2890224 -36

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	44	-	2890224	-36

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone C clone - 2890229 -41

TSS clone A clone - 2890228 -40

TSS clone T clone - 2890227 -39

TSS clone T clone - 2890223 -35

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`C`	clone	-	2890229	-41
TSS clone	`A`	clone	-	2890228	-40
TSS clone	`T`	clone	-	2890227	-39
TSS clone	`T`	clone	-	2890223	-35

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box CTTATAAATT - 2890256 2890265 -68 -77

Y Patch CTTCCTCT - 2890242 2890249 -54 -61

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`CTTATAAATT`	-	2890256	2890265	-68	-77
Y Patch	`CTTCCTCT`	-	2890242	2890249	-54	-61
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TTGAACCG - 2890377 2890384 -189 -196

AtREG640 TTGAACCG PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TTGAACCG`		-	2890377	2890384	-189	-196
	AtREG640	`TTGAACCG`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 5 + 2871141 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	5	+	2871141	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone C clone + 2871127 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS clone T clone + 2871128 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS clone A clone + 2871133 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS clone T clone + 2871134 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS clone T clone + 2871181 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`C`	clone	+	2871127	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS clone	`T`	clone	+	2871128	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS clone	`A`	clone	+	2871133	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS clone	`T`	clone	+	2871134	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS clone	`T`	clone	+	2871181	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CTCTTCCTCT + 2871121 2871130 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

Y Patch TTTCTTCTTCT + 2871169 2871179 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CTCTTCCTCT`	+	2871121	2871130	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
Y Patch	`TTTCTTCTTCT`	+	2871169	2871179	AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAAGTCAA + 2870847 2870854 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

AtREG632 AAAGTCAA PPDB Motif PLACE Motif TTGAC

REG CGTGGCAT + 2870865 2870872 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

AtREG448 CGTGGCAT ABA, DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG TAAGCCCAATAA + 2870933 2870944 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

AtREG426 TAAGCCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407 AAGCCCAA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG402   AGCCCAAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG355    GCCCAATA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG417     CCCAATAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG ATTTGGGCTTG + 2870954 2870964 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

AtREG421 ATTTGGGC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG469 TTTGGGCT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG407   TTGGGCTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

AtREG525    TGGGCTTG PPDB Motif GCCCA PLACE Motif TGGGCY

REG TTAAAGGCCCAATT + 2870969 2870982 AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

AtREG639 TTAAAGGC       PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

AtREG467 TAAAGGCC      PPDB Motif PLACE Motif

AtREG359   AAAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG353    AAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356     AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG352      GGCCCAAT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG418       GCCCAATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif