version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G09390

Summary of Gene (AT3G09390)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G09390  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G09390  
Description metallothionein, binds to and detoxifies excess copper and other metals, limiting oxidative damage  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2871988-2870789)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G09390                        5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G09350.1         
AT3G09350.2         
AT3G09350.3         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence








 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09390

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA44-2890224-36

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-2890229-41
TSS cloneAclone-2890228-40
TSS cloneTclone-2890227-39
TSS cloneTclone-2890223-35

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATAAATT-28902562890265-68-77
Y PatchCTTCCTCT-28902422890249-54-61
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGAACCG-28903772890384-189-196
 AtREG640TTGAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA5+2871141AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneCclone+2871127AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS cloneTclone+2871128AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS cloneAclone+2871133AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS cloneTclone+2871134AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
TSS cloneTclone+2871181AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchCTCTTCCTCT+28711212871130AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
Y PatchTTTCTTCTTCT+28711692871179AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGAAAGTCAA+28708472870854AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
 AtREG632AAAGTCAA PPDB Motif  PLACE MotifTTGAC 
REGCGTGGCAT+28708652870872AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
 AtREG448CGTGGCATABA, DREB1Aox PPDB Motif  PLACE MotifGCCAC 
REGTAAGCCCAATAA+28709332870944AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
 AtREG426TAAGCCCA     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407 AAGCCCAA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG402  AGCCCAAT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG355   GCCCAATA  PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG417    CCCAATAA PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
REGATTTGGGCTTG+28709542870964AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
 AtREG421ATTTGGGC    PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 
 AtREG469 TTTGGGCT   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG407  TTGGGCTT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
 AtREG525   TGGGCTTG PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifTGGGCY 
REGTTAAAGGCCCAATT+28709692870982AT3G09350.1, AT3G09350.2, AT3G09350.3
 AtREG639TTAAAGGC       PPDB MotifAAACG(C/G)  PLACE Motif 
 AtREG467 TAAAGGCC      PPDB Motif  PLACE Motif 
 AtREG359  AAAGGCCC     PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC 
 AtREG353   AAGGCCCA    PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG356    AGGCCCAA   PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG352     GGCCCAAT  PPDB MotifGCCCA  PLACE MotifGGGCC, TGGGCY 
 AtREG418      GCCCAATT PPDB MotifGCCCA  PLACE Motif 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.