version
PlantPromoterDB promoter information of AT3G09390.1

Summary of Gene (AT3G09390.1)

Organism Arabidopsis thaliana  
Chromosome 3  
Locus AT3G09390  TAIR      NCBI 
Gene model AT3G09390.1  
Description metallothionein, binds to and detoxifies excess copper and other metals, limiting oxidative damage  
#
#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2879838-2878639)

Genome position     
from initiation codon
                    
TSS from cDNA
TSS information
AT3G09390.1                      5'->3' (-)
Promoter sequence

 
AT3G09370.1         
AT3G09370.2         
TSS from cDNA
TSS information
                                 3'->5' (+)
Promoter sequence



 
TSS tag distribution(+)











TSS tag distribution(-)











ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09390.1

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS peakA44-2890224-36

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionPosition from initiation codon
   StrandPositionPosition
TSS cloneCclone-2890229-41
TSS cloneAclone-2890228-40
TSS cloneTclone-2890227-39
TSS cloneTclone-2890223-35

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionPosition from initiation codon
  StrandStartEndStartEnd
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxCTTATAAATT-28902562890265-68-77
Y PatchCTTCCTCT-28902422890249-54-61
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionPosition from initiation codon
   StrandStartEndStartEnd
REGTTGAACCG-28903772890384-189-196
 AtREG640TTGAACCG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

TypeSequenceTPM scoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS peakA4+2879345AT3G09370.1, AT3G09370.2

TSS information from cDNA

TypeSequenceScoreGenome positionGene model
   StrandPosition 
TSS cloneAclone+2879367AT3G09370.1, AT3G09370.2
TSS cloneTclone+2879368AT3G09370.1, AT3G09370.2

Core promoter information

TypeSequenceGenome positionGene model
  StrandStartEnd 
initiatorNot AvailableNot AvailableNot Available
TATA BoxNoneNoneNone
Y PatchNoneNoneNone
GANoneNoneNone
InrNoneNoneNone

REG information

TypeSequenceAnnotationGenome positionGene model
   StrandStartEnd 
REGGTTCGGTTTGG+28792342879244AT3G09370.1, AT3G09370.2
 AtREG556GTTCGGTT    PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG568 TTCGGTTT   PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
 AtREG550   CGGTTTGG PPDB MotifAACCG(G/A)  PLACE Motif 
REGACGTCAGC+28792912879298AT3G09370.1, AT3G09370.2
 AtREG515ACGTCAGCSA PPDB MotifACGT  PLACE MotifACGT 


Copyright(c) 2007- ppdb Stirring Committee. All Rights Reserved.