PlantPromoterDB promoter information of AT3G09440.1

Summary of Gene (AT3G09440.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09440 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09440.1
Description	heat shock cognate 70 kDa protein 3 (HSC70-3) (HSP70-3); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: protein folding, response to cadmium ion, response to heat; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein 70, conserved site (InterPro:IPR018181), Heat shock protein Hsp70 (InterPro:IPR001023), Heat shock protein 70 (InterPro:IPR013126); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSC70-1 (HEAT SHOCK COGNATE PROTEIN 70-1); ATP binding (TAIR:AT5G02500.1); Has 24859 Blast hits to 24560 proteins in 3087 species: Archae - 103; Bacteria - 9593; Metazoa - 3143; Fungi - 1202; Plants - 719; Viruses - 241; Other Eukaryotes - 9858 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 2906632-2905433)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G09440.1 5'->3' (-) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09440.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak A 13 - 2905710 -78

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`A`	13	-	2905710	-78

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 2905724 -92

TSS clone G clone - 2905723 -91

TSS clone G clone - 2905716 -84

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	2905724	-92
TSS clone	`G`	clone	-	2905723	-91
TSS clone	`G`	clone	-	2905716	-84

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box TATATAGA - 2905748 2905755 -116 -123

Y Patch CCTCTTTC - 2905680 2905687 -48 -55

Y Patch CTTCTCCTTC - 2905738 2905747 -106 -115

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	`TATATAGA`	-	2905748	2905755	-116	-123
Y Patch	`CCTCTTTC`	-	2905680	2905687	-48	-55
Y Patch	`CTTCTCCTTC`	-	2905738	2905747	-106	-115
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACCGTCAGA - 2905826 2905834 -194 -202

AtREG625 ACCGTCAG PPDB Motif PLACE Motif

AtREG622 CCGTCAGA PPDB Motif PLACE Motif

REG TAAACGGC - 2905888 2905895 -256 -263

AtREG613 TAAACGGC PPDB Motif AAACG(C/G) PLACE Motif

REG CGAACCGAAC - 2905911 2905920 -279 -288

AtREG575 CGAACCGA PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

AtREG556 AACCGAAC PPDB Motif AACCG(G/A) PLACE Motif

REG GACCGACT - 2905942 2905949 -310 -317

AtREG638 GACCGACT DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG GACCGACT - 2905987 2905994 -355 -362

AtREG638 GACCGACT DREB1Aox, ABA PPDB Motif CCGAC PLACE Motif CCGAC, RCCGAC

REG CTGACGGT - 2906003 2906010 -371 -378

AtREG625 CTGACGGT PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACCGTCAGA`		-	2905826	2905834	-194	-202
	AtREG625	`ACCGTCAG`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG622	`CCGTCAGA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`TAAACGGC`		-	2905888	2905895	-256	-263
	AtREG613	`TAAACGGC`		PPDB Motif	`AAACG(C/G)`	PLACE Motif
REG	`CGAACCGAAC`		-	2905911	2905920	-279	-288
	AtREG575	`CGAACCGA`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
	AtREG556	`AACCGAAC`		PPDB Motif	`AACCG(G/A)`	PLACE Motif
REG	`GACCGACT`		-	2905942	2905949	-310	-317
	AtREG638	`GACCGACT`	DREB1Aox, ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`GACCGACT`		-	2905987	2905994	-355	-362
	AtREG638	`GACCGACT`	DREB1Aox, ABA	PPDB Motif	`CCGAC`	PLACE Motif	`CCGAC, RCCGAC`
REG	`CTGACGGT`		-	2906003	2906010	-371	-378
	AtREG625	`CTGACGGT`		PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None