PlantPromoterDB promoter information of AT3G09850.1

Summary of Gene (AT3G09850.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G09850 TAIR NCBI
Gene model	AT3G09850.1
Description	D111/G-patch domain-containing protein; FUNCTIONS IN: nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: intracellular, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: D111/G-patch (InterPro:IPR000467); Has 3479 Blast hits to 2376 proteins in 234 species: Archae - 15; Bacteria - 783; Metazoa - 1588; Fungi - 375; Plants - 208; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 501 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3026742-3025543)

`Genome position from initiation codon` `TSS from cDNA TSS information AT3G09850.1 5'->3' (-) Promoter sequence AT3G09860.1 TSS from cDNA TSS information 3'->5' (+) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G09850.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS peak G 2 - 3025917 -175

TSS peak G 8 - 3025770 -28

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS peak	`G`	2	-	3025917	-175
TSS peak	`G`	8	-	3025770	-28

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone G clone - 3025851 -109

TSS clone A clone - 3025810 -68

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone	`G`	clone	-	3025851	-109
TSS clone	`A`	clone	-	3025810	-68

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch CGTCTTCC - 3025781 3025788 -39 -46

Y Patch TTCTTCCT - 3025802 3025809 -60 -67

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	`CGTCTTCC`	-	3025781	3025788	-39	-46
Y Patch	`TTCTTCCT`	-	3025802	3025809	-60	-67
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG TACGTGGCCCATTT - 3025861 3025874 -119 -132

AtREG413 TACGTGGC       PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG445    GTGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG490     TGGCCCAT   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG361      GGCCCATT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG386       GCCCATTT PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG AAAACGACACG - 3025892 3025902 -150 -160

AtREG520 AAAACGAC    PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569 AAACGACA   PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527   AACGACAC DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG428    ACGACACG ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`TACGTGGCCCATTT`		-	3025861	3025874	-119	-132
	AtREG413	`TACGTGGC`		PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG445	`GTGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GCCAC, GGGCC, TGGGCY`
	AtREG490	`TGGCCCAT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG361	`GGCCCATT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG386	`GCCCATTT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`AAAACGACACG`		-	3025892	3025902	-150	-160
	AtREG520	`AAAACGAC`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG569	`AAACGACA`		PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG527	`AACGACAC`	DREB1Aox	PPDB Motif		PLACE Motif
	AtREG428	`ACGACACG`	ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought	PPDB Motif		PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

TSS peak A 8 + 3026108 AT3G09860.1

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS peak	`A`	8	+	3026108	AT3G09860.1

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

TSS clone A clone + 3026108 AT3G09860.1

TSS clone A clone + 3026109 AT3G09860.1

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
TSS clone	`A`	clone	+	3026108	AT3G09860.1
TSS clone	`A`	clone	+	3026109	AT3G09860.1

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG AAATGGGCCACGTA + 3025861 3025874 AT3G09860.1

AtREG386 AAATGGGC       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361 AATGGGCC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG490   ATGGGCCA     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG445    TGGGCCAC    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GCCAC, GGGCC, TGGGCY

AtREG413       GCCACGTA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

REG CGTGTCGTTTT + 3025892 3025902 AT3G09860.1

AtREG428 CGTGTCGT    ABA, DREB1Aox, Ethylene, Drought PPDB Motif PLACE Motif

AtREG527 GTGTCGTT   DREB1Aox PPDB Motif PLACE Motif

AtREG569   TGTCGTTT PPDB Motif PLACE Motif

AtREG520    GTCGTTTT PPDB Motif PLACE Motif