PlantPromoterDB promoter information of AT3G10110.1

Summary of Gene (AT3G10110.1)

Organism	Arabidopsis thaliana
Chromosome	3
Locus	AT3G10110 TAIR NCBI
Gene model	AT3G10110.1
Description	maternal effect embryo arrest 67 (MEE67); FUNCTIONS IN: protein transporter activity, P-P-bond-hydrolysis-driven protein transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: embryonic development ending in seed dormancy, protein transport; LOCATED IN: mitochondrial inner membrane, chloroplast, mitochondrial inner membrane presequence translocase complex; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mitochondrial import inner membrane translocase, subunit Tim17/22 (InterPro:IPR003397); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein (TAIR:AT1G18320.1); Has 509 Blast hits to 509 proteins in 136 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 226; Fungi - 159; Plants - 86; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 38 (source: NCBI BLink).

#

Overview

Focused view (chromosome 3: 3115225-3116424)

`Genome position from initiation codon` `AT3G10100.1 TSS from cDNA TSS information AT3G10110.1 5'->3' (+) Promoter sequence TSS from cDNA TSS information 3'->5' (-) Promoter sequence TSS tag distribution(+) TSS tag distribution(-)`	Your web browser cannot display this window!

ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC

Promoter Summary of AT3G10110.1

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Position from initiation codon

Strand Position Position

TSS clone peak A clone + 3116157 -68

TSS clone peak C clone + 3116158 -67

Type	Sequence	Score	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Position	Position
TSS clone peak	`A`	clone	+	3116157	-68
TSS clone peak	`C`	clone	+	3116158	-67

Core promoter information

Type Sequence Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Position from initiation codon
		Strand	Start	End	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Position from initiation codon

Strand Start End Start End

REG ACGTGGCAC + 3115958 3115966 -267 -259

AtREG379 ACGTGGCA ABA PPDB Motif ACGT PLACE Motif ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC

AtREG444 CGTGGCAC PPDB Motif PLACE Motif GCCAC

REG ACAGGCCCAAAA + 3116027 3116038 -198 -187

AtREG433 ACAGGCCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG370 CAGGCCCA    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG356   AGGCCCAA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG373    GGCCCAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG529     GCCCAAAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

REG CTAATGGGCCTAAA + 3116045 3116058 -180 -167

AtREG558 CTAATGGG       PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG357 TAATGGGC      PPDB Motif GCCCA PLACE Motif

AtREG361   AATGGGCC     PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG354    ATGGGCCT    PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG358     TGGGCCTA   PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC, TGGGCY

AtREG360      GGGCCTAA PPDB Motif GCCCA PLACE Motif GGGCC

AtREG430       GGCCTAAA PPDB Motif PLACE Motif

REG ACCCTAGA + 3116081 3116088 -144 -137

AtREG658 ACCCTAGA PPDB Motif ACCCT PLACE Motif

Type	Sequence	Annotation	Genome position	Position from initiation codon
			Strand	Start	End	Start	End
REG	`ACGTGGCAC`		+	3115958	3115966	-267	-259
	AtREG379	`ACGTGGCA`	ABA	PPDB Motif	`ACGT`	PLACE Motif	`ACGT, ACGTG, GCCAC, ACGTGKC`
	AtREG444	`CGTGGCAC`		PPDB Motif		PLACE Motif	`GCCAC`
REG	`ACAGGCCCAAAA`		+	3116027	3116038	-198	-187
	AtREG433	`ACAGGCCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG370	`CAGGCCCA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG356	`AGGCCCAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG373	`GGCCCAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG529	`GCCCAAAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
REG	`CTAATGGGCCTAAA`		+	3116045	3116058	-180	-167
	AtREG558	`CTAATGGG`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG357	`TAATGGGC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif
	AtREG361	`AATGGGCC`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG354	`ATGGGCCT`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG358	`TGGGCCTA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC, TGGGCY`
	AtREG360	`GGGCCTAA`		PPDB Motif	`GCCCA`	PLACE Motif	`GGGCC`
	AtREG430	`GGCCTAAA`		PPDB Motif		PLACE Motif
REG	`ACCCTAGA`		+	3116081	3116088	-144	-137
	AtREG658	`ACCCTAGA`		PPDB Motif	`ACCCT`	PLACE Motif

Other Reliable Promoter Summary

TSS information

Type Sequence TPM score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	TPM score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

TSS information from cDNA

Type Sequence Score Genome position Gene model

Strand Position

Not Available Not Available Not Available Not Available Not Available

Type	Sequence	Score	Genome position	Gene model
			Strand	Position
Not Available	Not Available	Not Available	Not Available	Not Available

Core promoter information

Type Sequence Genome position Gene model

Strand Start End

initiator Not Available Not Available Not Available

TATA Box None None None

Y Patch None None None

GA None None None

Inr None None None

Type	Sequence	Genome position	Gene model
		Strand	Start	End
initiator	Not Available	Not Available	Not Available
TATA Box	None	None	None
Y Patch	None	None	None
GA	None	None	None
Inr	None	None	None

REG information

Type Sequence Annotation Genome position Gene model

Strand Start End

REG None None None